在施工合同中，若发包人付款单位不同，合同条款的撰写需格外谨慎，以确保合同各方权益清晰、责任明确。以下是一些关键要点和示例条款，供您参考：

1. 明确付款单位及付款责任

• 在合同中明确列出所有参与付款的单位名称、付款比例及付款条件。
• 清晰界定各付款单位的付款责任，包括但不限于付款时间、付款方式、逾期付款的违约责任等。

示例条款： “本合同项下的工程款项由以下单位共同支付：

• 发包人A公司，负责支付合同总价的XX%；
• 发包人B公司，负责支付合同总价的XX%。

各付款单位应按照以下约定履行付款义务：

• A公司应于工程开工后XX日内支付首期款XX元；
• B公司应于工程进度达到XX%时支付进度款XX元；
• 剩余款项由A公司与B公司按比例于工程竣工验收合格后XX日内共同支付。

若任一付款单位逾期付款，应按照逾期金额的每日XX%向承包人支付违约金。”

2. 约定付款流程与协调机制

• 明确付款流程，包括付款申请、审核、支付等环节的具体操作方式。
• 设立协调机制，以便在付款过程中出现问题时能够及时沟通解决。

示例条款： “承包人应于每月XX日前向发包人提交上月完成工程量的付款申请，并附相关证明材料。

发包人A公司与B公司应在收到付款申请后XX日内完成审核，并共同或分别向承包人支付相应款项。

如发包人之间或发包人与承包人之间就付款事宜产生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成的，可按照本合同约定的争议解决方式处理。”

3. 考虑税务与发票问题

• 明确各付款单位在税务和发票方面的责任和义务，以避免税务风险。

示例条款： “各付款单位应按照国家税收法律法规的规定，自行承担并履行相应的纳税义务。

承包人应按照各付款单位的付款比例，分别向A公司和B公司开具合法有效的增值税专用发票。”

4. 设定违约责任与争议解决方式

• 明确违约责任，包括逾期付款、未足额付款等情形的违约处理方式。
• 约定争议解决方式，如仲裁或诉讼，并明确管辖法院或仲裁机构。

示例条款： “如任一付款单位违反本合同约定，未按时足额支付工程款项的，除应继续履行付款义务外，还应按照本合同约定向承包人支付违约金。

因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权将争议提交至XX仲裁委员会进行仲裁，仲裁裁决是终局的，对双方均有约束力。”

在撰写施工合同时，务必确保合同条款的合法性、合规性和可操作性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。