当遇到付款单位和合同单位不一致的情况时，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为它可能涉及到合同履行、税务合规以及法律责任等多个方面。以下是一套详细且有条理的处理建议，希望能帮助您妥善解决这一问题：
一、明确问题并核实原因
首先，您需要与合同方和付款单位进行沟通，明确这种不一致的具体原因。这可能是由于误解、操作失误、业务调整、企业重组、更名或存在委托支付关系等多种情况导致的。在沟通过程中，务必要求对方提供相关的证明文件或解释，如公司决议、业务转让协议、更名通知或委托支付函等，以确保其合法性和有效性。
二、审查合同条款及变更程序
接下来，仔细审查合同中的相关条款，特别是关于付款单位和合同单位一致性的约定，以及变更付款单位的程序。如果合同中有明确规定，双方必须严格遵循该程序进行操作，包括提前通知的天数、书面形式的要求以及对方的书面确认等。确保所有变更均符合合同约定的条件和程序，以避免后续纠纷。
三、根据实际情况选择解决方案
根据核实的原因和合同条款，您可以选择以下一种或多种解决方案：
签订三方协议：如果付款单位是代合同单位支付款项，且这种情况是长期或常规的，建议签订三方协议。协议中应明确付款单位代合同单位支付款项的事实，以及由此产生的一切法律后果由合同单位承担。同时，协议应包含付款单位、合同单位和您的基本信息，以及代付款项的详细条款和各方的权利义务。
取得付款说明：如果付款单位只是临时性代付或情况较为简单，可以要求付款单位出具付款说明。付款说明应加盖付款单位公章，并注明合同编号、款项性质、付款期间等信息，以作为付款的辅助证明。
修改合同主体：如果付款单位实际上将承担合同的主要权利和义务，并且您同意变更合同主体，那么可以签订合同变更协议。协议中应明确权利义务的转移情况，以及新合同主体的基本信息和各方的权利义务。
考虑特殊情况的合理性解释或证明：如果存在企业重组、更名等特殊情况导致付款单位和合同单位不一致，您应要求对方提供相关文件或证据以证明其关联性和合法性。
四、防范风险与采取后续措施
保留证据：在整个处理过程中，务必妥善保留沟通记录、三方协议、付款说明、合同变更协议以及付款凭证等各类证据。这些证据在后续可能出现的纠纷中具有至关重要的证明作用。
关注资金流向：在付款时，确保资金准确无误地支付到经认可的收款账户，并及时获取收款凭证以证明款项已支付。
检查税务合规：特别注意发票抬头与付款单位是否一致，以避免税务合规问题。如存在不一致情况，应及时与税务部门沟通并寻求解决方案。
法律救济：如果无法协商解决且涉及金额较大或可能引发法律纠纷，建议及时咨询专业律师。必要时，可通过法律途径如提起诉讼或申请仲裁来维护自身合法权益。
综上所述，当付款单位和合同单位不一致时，您应通过核实原因、审查合同条款、选择解决方案以及采取风险防范和后续措施等步骤来处理该问题。确保整个处理过程合法合规，并妥善保留证据以应对可能的纠纷。希望这些建议能对您有所帮助！