结论：贵司与劳务派遣公司签订劳务协议时，是否通过“应付职工薪酬”科目核算，需根据实际用工关系及协议性质判断，具体分为以下两种情况：

1. 若协议性质为“劳务派遣用工”（实际使用派遣员工）

根据《企业会计准则第9号——职工薪酬》及税法规定，需通过“应付职工薪酬”科目核算，但核算主体为劳务派遣公司，贵司作为用工单位仅承担支付派遣费用的义务。具体流程如下：

• 会计处理：贵司支付给劳务派遣公司的费用（含员工工资、社保等）应计入“管理费用-劳务费”或相关成本科目，不直接计入应付职工薪酬；但若贵司直接向派遣员工支付工资（如协议约定），则需按职工薪酬核算。
• 税务处理：贵司可凭劳务派遣公司开具的发票（注明工资、社保明细）税前扣除，但若直接支付工资，需代扣代缴个税并计入工资薪金总额。

关键点：实际用工关系决定核算方式。若贵司仅使用派遣员工但未直接支付工资，则无需通过“应付职工薪酬”；若直接支付，则需按职工薪酬处理。

2. 若协议性质为“普通劳务外包”（非派遣用工）

若贵司与劳务公司签订的是劳务外包合同（如保洁、安保等非核心业务外包），且劳务公司自行管理员工、承担用工风险，则：

• 会计处理：贵司支付的费用直接计入“管理费用-服务费”或相关成本科目，不涉及应付职工薪酬。
• 税务处理：凭劳务公司开具的增值税发票（如6%税率）税前扣除，无需代扣代缴个税（个税由劳务公司申报）。

关键点：劳务外包与派遣的核心区别在于“管理责任归属”。若劳务公司独立承担用工管理，则贵司无需按职工薪酬处理。

实务建议

1. 审查协议条款：明确约定服务性质（派遣或外包）、费用构成（是否含工资社保）、支付对象（直接支付员工或劳务公司）。
2. 保留证据链：要求劳务公司提供员工工资表、社保缴纳凭证等，以证明费用合理性。
3. 合规风险：若误将派遣用工按外包处理，可能面临社保补缴、税务处罚等风险。

如有进一步疑问（如协议条款设计、税务筹划等），可直接向我咨询，我会结合具体协议文本提供针对性建议。