结论：医生建议休息四周，公司调休扣加班时长，一般不算严格意义上的误工，但公司做法可能存在不合理之处，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
从误工的定义角度
误工通常指的是因受伤、患病等原因，无法正常从事工作而导致的收入减少。在工伤或患病休息的情境下，误工费一般是按照劳动者正常工作时的工资标准来计算损失的。而公司用调休扣加班时长的方式来处理，从表面上看，劳动者并没有直接因为休息而减少当月的工资收入（因为调休是用加班时长来抵扣的，相当于劳动者之前加班所获得的额外工作时间被用来抵消这次休息的时间），所以从这个角度来说，不算严格意义上的误工。
从公司做法合理性的角度
- 若公司规章制度合法且经民主程序制定并公示
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工在因病或非因工负伤需要休息时，可以用加班时长进行调休抵扣，并且该规章制度是经过民主程序制定（比如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定）并且已经向员工公示的，那么公司的这种做法在一定程度上是具有合理性的。
- 例如，公司每年都会组织员工对规章制度进行学习和讨论，并且在公司内部公告栏、办公系统等显著位置进行公示，员工也签署了确认知晓规章制度的文件。在这种情况下，员工因医生建议休息四周，公司按照规章制度用加班时长调休，员工较难主张公司存在过错。
- 若公司规章制度不合法或未履行相关程序
- 如果公司的规章制度没有经过民主程序制定，或者没有向员工公示，那么该规章制度对员工是不具有约束力的。公司以调休扣加班时长的方式来处理员工因病休息的情况，就可能侵犯了员工的合法权益。
- 比如，公司只是单方面制定了这项规定，没有征求员工的意见，也没有在公司内部进行公示，员工根本不知道有这样的规定。此时，员工可以主张公司按照正常工资标准支付其休息期间的工资，而不应该用加班时长来抵扣。
- 从加班时长抵扣的合理性角度
- 即使公司的规章制度合法有效，也需要考虑加班时长抵扣的合理性。如果员工之前的加班时长不足以抵扣这次休息的时间，或者公司强制要求员工用加班时长抵扣而不考虑员工的意愿，这种做法也是不合理的。
- 例如，员工之前只有10个小时的加班时长，而这次医生建议休息四周，按照正常工作时间计算，相当于需要抵扣80个小时的工作时间，显然加班时长远远不够。或者员工明确表示不愿意用加班时长抵扣，希望公司按照正常工资支付休息期间的工资，但公司仍然强制抵扣，这都可能引发劳动纠纷。
法律建议
- 与公司协商：你可以先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明你的情况和诉求，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案。比如，如果公司规章制度存在问题，你可以要求公司按照正常工资标准支付你休息期间的工资；如果公司规章制度合法但存在不合理之处，你可以与公司协商调整抵扣方式等。
- 收集证据：如果协商无果，你需要收集相关证据，如医生的诊断证明、建议休息的证明、公司的规章制度、你的加班记录等，以证明你的权益受到了侵犯。
- 申请劳动仲裁：在收集好证据后，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
如果你还有其他关于劳动工伤方面的问题，比如具体的赔偿标准、仲裁流程等，都可以直接向我咨询。