在原告提交了被告出具的借支单及转款凭证，而被告抗辩称该款项系双方合伙投资款的情况下，法律上对款项性质的认定需综合多方面因素进行考量。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
借支单与转款凭证的法律意义
- 借支单通常被视为借款的初步证据，表明被告曾从原告处借得一定款项，并承诺在一定期限内归还。
- 转款凭证则证明了款项的实际支付情况，是借款事实发生的重要物证。
- 然而，这两份证据并不足以直接确定款项的性质，因为被告可能提出抗辩，主张该款项并非借款，而是其他性质的款项，如合伙投资款。
被告抗辩的合理性分析
- 被告抗辩称款项为合伙投资款，需要提供相应的证据来支持其主张。这可能包括合伙协议、投资记录、分红记录等，以证明双方存在合伙关系，且该款项是用于合伙项目的投资。
- 如果被告能够提供充分的证据证明其抗辩主张，那么法院在认定款项性质时，会综合考虑这些证据，并可能倾向于认定款项为合伙投资款。
法院认定款项性质的关键因素
- 双方当事人的陈述与举证：法院会仔细审查双方当事人的陈述和提供的证据，以判断哪一方的陈述更符合逻辑和常理，哪一方的证据更充分、更有说服力。
- 款项的用途与流向：法院会关注款项的实际用途和流向，以判断其是否符合借款或合伙投资的特征。例如，如果款项被直接用于合伙项目的运营或投资，那么更可能被认定为合伙投资款。
- 双方的关系与交易习惯：法院还会考虑双方之间的关系以及以往的交易习惯，以判断本次交易的性质。如果双方之前有过类似的借款或合伙投资行为，那么法院可能会参考这些先例来认定本次交易的性质。
可能的法律后果
- 如果法院最终认定款项为借款，那么被告需要按照借支单上的约定归还借款本金及可能的利息。
- 如果法院认定款项为合伙投资款，那么双方需要按照合伙协议的约定来分配利润或承担亏损。如果合伙协议不存在或约定不明确，法院可能会根据双方的出资比例、贡献大小等因素来公平分配利润或承担亏损。
建议：
- 对于原告而言，应继续收集并整理相关证据，如借款前后的聊天记录、邮件往来等，以证明双方存在借款合意，且款项确实为借款。
- 对于被告而言，如果确实主张款项为合伙投资款，应尽快提供合伙协议、投资记录等证据来支持其抗辩主张。
- 双方均可考虑在诉讼过程中寻求调解或和解，以避免长时间的诉讼程序和可能的法律风险。
在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。