公司使用个人微信发工资，若操作合法合规且符合财务流程，则不直接构成违法；但若存在偷逃税、规避社保缴纳或财务管理不规范等情形，则可能违法，并面临一系列法律风险和管理问题。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
双方协商一致：
- 若用人单位与劳动者明确同意通过微信发放工资，并且能确保支付信息的清晰准确（如金额、时间、领取人等），则此方式在法律上通常被允许。这尤其适用于小型企业、创业公司或特定行业中的灵活支付需求。但需注意，这种协商一致应体现在劳动合同或相关协议中，以确保双方权益。
留存有效凭证：
- 使用微信发放工资时，用人单位必须保存微信支付记录、转账截图等作为支付凭证。这些记录应能被劳动者方便查询，并能在劳动纠纷中作为证据使用。若无法提供有效凭证，可能面临举证不能的风险。
潜在法律风险与管理问题
证据效力不足：
- 相较于传统的银行工资流水明细，微信支付记录在证据效力上可能较弱。在复杂的劳动争议中，法院可能要求更详细、准确的支付凭证，而微信记录可能无法满足这一标准，从而影响劳动者的权益维护。
税务风险增加：
- 用人单位作为扣缴义务人，需按规定代扣代缴个人所得税。微信发放工资可能导致税收计算不准确或申报遗漏，从而引发税务违规风险，包括补缴税款、罚款等处罚。此外，若用人单位通过微信隐匿实际收入以少缴企业所得税，则构成偷税行为，将面临更严重的法律后果。
社保缴费问题：
- 使用微信发工资可能导致公司降低工资基数，从而少缴社会保险费。根据《中华人民共和国社会保险法》，公司未按时足额缴纳社保费将面临滞纳金和罚款。这不仅损害了劳动者的合法权益，也影响了公司的合规经营。
财务管理混乱：
- 微信转账的随意性和非正式性不利于企业的财务管理和税务申报。企业应建立完善的财务制度，对工资支付进行规范管理和记录。使用微信发工资可能破坏企业财务内部控制体系，增加财务风险和管理漏洞。
金融监管违规：
- 频繁且大额的微信工资支付可能引起金融监管部门的关注，违反金融管理规定。企业应通过正规银行结算渠道进行资金往来，以确保资金安全和规范管理。
法律建议与最佳实践
优先选择正式渠道：
- 为避免潜在法律风险和管理问题，企业应优先考虑通过银行转账等正式渠道发放工资。这不仅能确保财务记录的准确性和合规性，还能有效保护公司和员工的合法权益。
完善财务管理制度：
- 企业应建立健全的财务制度，对工资支付进行规范化管理。包括明确的支付流程、记录保存和税务申报等环节。同时，应加强对财务部门的管理和监督，确保工资发放过程的合规性和透明度。
增强法律意识：
- 劳动者也应关注自己的工资支付方式，确保权益得到保障。在签订劳动合同时，应明确工资支付方式及相关条款。若发现用人单位存在违法支付工资的行为，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助。
及时咨询与合规审查：
- 在采用任何非传统工资支付方式前，建议企业进行合规性审查，以防范潜在的法律风险。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。
综上所述，虽然公司在特定条件下可以使用个人微信发工资而不直接违法，但考虑到潜在的法律风险和管理问题，建议公司严格遵守相关法律法规和财务管理制度，使用正规的对公账户或银行转账等正式渠道来发放员工的工资。