公司通过微信转账发放工资并不直接违法，但可能存在不符合相关法规要求及潜在风险的情况。以下是对这一问题的详细分析：
合法性基础与前提条件
法律未明确排除电子支付：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。此处的“货币形式”并未明确排除电子支付手段，如微信转账。
- 随着科技发展，电子支付已成为普遍接受的支付方式，因此，从法律层面讲，微信转账作为支付工具之一，在双方劳动合同中有明确约定且不违反法律法规的前提下，是合法有效的。
双方协商一致与留存凭证：
- 若用人单位与劳动者明确同意通过微信发放工资，并且能确保支付信息的清晰准确（如金额、时间、领取人等），则此方式在法律上通常被允许。
- 使用微信发放工资时，用人单位必须保存微信支付记录、转账截图等作为支付凭证，以便在必要时证明工资支付的事实和金额。
潜在法律风险与管理问题
证据效力不足：
- 相较于传统的银行工资流水明细，微信支付记录在证据效力上可能较弱。在复杂的劳动争议中，法院可能要求更详细、准确的支付凭证，而微信记录可能无法满足这一标准。
- 建议：为增强证据效力，用人单位可与劳动者签订书面协议，明确工资支付方式及双方权利义务，并妥善保存微信转账记录、聊天记录等证据材料。
税务风险增加：
- 用人单位作为扣缴义务人，需按规定代扣代缴个人所得税。微信发放工资可能导致税收计算不准确或申报遗漏，从而引发税务违规风险，包括补缴税款、罚款等处罚。
- 建议：用人单位应确保按照正规财务流程进行工资支付，并准确申报和缴纳个人所得税，以防范税务风险。
金融监管违规与资金安全风险：
- 频繁且大额的微信工资支付可能引起金融监管部门的关注，违反金融管理规定。此外，个人微信账户无企业账户的资金托管功能，可能出现款项被挪用、延迟到账等问题。
- 建议：用人单位应通过正规银行结算渠道进行资金往来，以确保资金安全和规范管理。若确需使用微信转账，应确保资金的安全性和转账的准确性。
财务管理混乱与举证困难：
- 微信转账的随意性和非正式性不利于企业的财务管理和税务申报。在劳动仲裁或诉讼中，微信转账记录易被质疑真实性，而银行流水具有更强的法律效力。
- 建议：用人单位应建立完善的财务制度，对工资支付进行规范管理和记录，并尽可能采用更为正式和可追溯的支付方式，如银行转账等。
法律建议与最佳实践
- 优先选择正式渠道：为避免潜在法律风险和管理问题，用人单位应优先考虑通过银行转账等正式渠道发放工资，并确保相关记录的完整性和准确性。
- 完善财务管理制度：建立健全的财务制度，对工资支付进行规范化管理，包括明确的支付流程、记录保存和税务申报等。
- 增强法律意识：劳动者也应关注自己的工资支付方式，确保权益得到保障。在签订劳动合同时，应明确工资支付方式及相关条款。
综上所述，虽然公司通过微信转账发放工资并不直接违法，但为确保工资的合法、安全、准确支付，并防范潜在的法律风险，用人单位应严格遵守相关法律法规和财务管理制度，建立完善的工资支付和记录保存机制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。