行政机关组织内部制度与上位制度不一致时，该内部制度通常是无效的。以下从几个角度进行详细分析：

1. 法律层级与效力原则：

   • 在法律体系中，不同层级的法律规范具有不同的效力。上位法（如法律、行政法规）的效力高于下位法（如部门规章、地方性法规）。当行政机关制定的内部制度与上位法相冲突时，根据“上位法优于下位法”的原则，内部制度应被视为无效。
   • 例如，如果某行政机关制定的内部规定与《行政处罚法》等上位法相抵触，那么该内部规定在涉及行政处罚的条款上将是无效的。

2. 内部制度的性质与目的：

   • 行政机关的内部制度通常是为了规范内部管理、提高工作效率而制定的。这些制度应当遵循上位法的规定，不得与之相抵触。
   • 如果内部制度违反了上位法的原则或规定，那么它不仅无法达到规范内部管理的目的，还可能引发法律纠纷和行政争议。

3. 法律后果与责任：

   • 当行政机关依据与上位法不一致的内部制度作出行政行为时，该行政行为可能因违法而被撤销或变更。
   • 行政机关及其工作人员还可能因违反上位法而承担法律责任，包括行政责任、民事责任甚至刑事责任。

4. 实际操作中的建议：

   • 行政机关在制定内部制度时，应严格审查其与上位法的一致性，确保内部制度的合法性和有效性。
   • 如果发现内部制度与上位法存在冲突，应及时进行修改或废止，以避免法律风险和行政争议。
   • 对于公民、法人或其他组织而言，如果认为行政机关的内部制度违反了上位法，可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。

总结来说，行政机关组织内部制度与上位制度不一致时，该内部制度通常是无效的。行政机关应严格遵守上位法的规定，确保内部制度的合法性和有效性。如果遇到相关问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。