军工厂工人违法犯罪，一般由公安机关负责管辖，若涉及军事秘密或危害国家军事利益，则可能由军队保卫部门或军事检察院、军事法院等军事司法机关管辖。以下是对此问题的详细分析：
一般违法犯罪情况：
- 当军工厂工人涉及一般的违法犯罪行为，如盗窃、诈骗、故意伤害等，这些行为并不直接涉及军事秘密或危害国家军事利益时，通常由地方公安机关负责立案侦查、采取强制措施，并移送检察机关审查起诉，最终由地方人民法院进行审判。
涉及军事秘密或危害国家军事利益的违法犯罪情况：
- 如果军工厂工人的违法犯罪行为涉及军事秘密，如泄露军事机密、非法获取军事信息等，或者其行为危害了国家军事利益，如破坏军事设施、阻碍军事行动等，那么这些案件可能由军队保卫部门负责立案侦查。
- 在侦查过程中，军队保卫部门会依法采取必要的强制措施，收集证据，查明事实。对于需要追究刑事责任的案件，军队保卫部门会将军人（包括军工厂中的军人身份人员）移送军事检察院审查起诉；对于非军人，则可能移送地方检察机关审查起诉。
- 最终，军事法院或地方人民法院会根据案件的性质和管辖规定，对案件进行审判。
特殊情况的考虑：
- 在某些特殊情况下，如军工厂工人同时具有军人和地方人员身份，或者其违法犯罪行为既涉及地方事务又涉及军事事务时，可能需要地方公安机关和军队保卫部门共同协作，或者根据具体情况由上级机关指定管辖。
法律建议：
- 对于军工厂工人而言，应当严格遵守国家法律法规和军事纪律，不得从事任何违法犯罪行为。
- 如果军工厂工人发现自己或他人有违法犯罪行为，应当及时向有关部门报告，以便及时处理和纠正。
- 如果军工厂工人涉及违法犯罪行为，应当积极配合调查，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。
可能后果：
- 如果军工厂工人违法犯罪行为成立，将可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
- 同时，违法犯罪行为还可能对军工厂的生产秩序、军事秘密保护等造成严重影响，因此相关责任人员还可能面临行政处罚或纪律处分。
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