结论：兄弟二人平分继承宅基地所签协议，在两个妹妹不知情的情况下，其法律效力需分情况讨论，并非绝对有效或无效。

分析如下：

1. 协议主体与继承权：

   • 宅基地的继承，首先需明确继承权的归属。根据《中华人民共和国民法典》中关于继承的规定，继承权男女平等，即兄弟和妹妹均享有平等的继承权。若宅基地属于被继承人的合法财产，且未留下遗嘱指定特定继承人，则应按照法定继承处理，即所有第一顺序继承人（包括兄弟和妹妹）均等继承。
   • 在此情况下，兄弟二人未经两个妹妹同意，擅自签订平分继承宅基地的协议，可能侵犯了妹妹的继承权。该协议若未经妹妹追认，对妹妹不产生法律效力。

2. 协议内容与合法性：

   • 协议内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害国家、集体或第三人的利益。若协议内容涉及将宅基地非法转让、分割给非继承人，或违反了宅基地使用的相关规定，则协议可能因违法而无效。
   • 在本例中，若协议仅涉及兄弟二人之间的宅基地分配，且未违反宅基地使用的相关规定，但因侵犯了妹妹的继承权，该部分内容对妹妹而言仍属无效。

3. 妹妹的知情权与追认权：

   • 妹妹作为宅基地的潜在继承人，有权知晓继承事宜并参与分配。兄弟二人签订协议时未告知妹妹，剥夺了妹妹的知情权。
   • 若妹妹事后得知协议内容并表示同意或追认，则协议可能对妹妹产生法律效力。但若妹妹明确表示反对或拒绝追认，则协议对妹妹不产生法律效力。

4. 法律后果与建议：

   • 若协议被认定无效或对妹妹不产生法律效力，妹妹有权要求重新分配宅基地或获得相应的补偿。
   • 为避免纠纷和法律风险，建议兄弟二人在签订宅基地继承协议前，充分告知并协商所有继承人（包括妹妹）的意见，确保协议内容合法、公平且得到所有继承人的同意。若无法达成一致意见，可寻求法律途径解决争议。

额外建议：

• 在处理宅基地继承问题时，务必了解并遵守当地关于宅基地使用的相关规定和政策，确保继承行为的合法性。
• 若对继承事宜存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议和帮助。

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