履约保函的存在并不必然导致不能扣质保金，是否可扣需根据合同约定及实际履约情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 合同约定优先
   若合同中明确约定“履约保函与质保金为独立担保措施，一方提供履约保函后，另一方仍有权按约定扣留质保金”，则发包方（或买方）可依据合同扣除质保金。例如，某建设工程施工合同约定：“承包人提交履约保函后，发包人仍可按合同总价5%扣留质保金，质保期满后无质量问题则退还”，此时履约保函与质保金并行存在，互不影响。
   关键点：合同条款是判断能否扣质保金的核心依据，需重点审查合同中关于“履约保函与质保金关系”的约定。

2. 履约保函的担保范围与质保金功能差异

   • 履约保函通常用于担保承包人（或供应商）按合同约定履行义务（如工期、质量、安全等），若违约，发包方可凭保函向银行索赔。
     
   • 质保金则用于担保质保期内出现的质量问题，若发生维修费用，发包方可直接从质保金中扣除。
     结论：若保函仅覆盖履约阶段（如施工期），而质保金覆盖质保期（如缺陷责任期），两者担保范围不同，发包方可同时主张保函索赔与质保金扣除。

3. 保函金额与质保金金额的替代关系
   若合同约定“承包人提交履约保函后，发包人不再扣留质保金”，或保函金额已覆盖质保金（如保函金额=合同总价10%，质保金原为5%），则发包方通常不能再扣质保金。
   例外：若保函金额不足覆盖质保金（如保函5%，质保金10%），且合同未明确免除剩余质保金，发包方可扣除差额部分。

4. 实际履约情况的影响

   • 若承包人已按合同完成履约义务（如通过竣工验收），且保函已到期或解除，发包方无权再以“履约问题”扣质保金，但可因质保期内质量问题扣款。
     
   • 若承包人存在违约（如工期延误、质量不达标），发包方可能同时主张保函索赔与质保金扣除（需合同支持）。

建议：

• 审查合同中关于“履约保函与质保金”的条款，明确两者关系（独立/替代/部分替代）；
  
• 核对保函金额、有效期与质保金金额、质保期是否匹配；
  
• 若发生争议，收集履约证据（如验收报告、维修记录）以支持主张。
  

如有具体合同或案例，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。