面对员工威胁公司偷税漏税的情况，公司需要采取一系列系统而全面的措施来应对，以确保合法合规地解决问题并维护自身权益。以下是我为您详细梳理的应对步骤：
一、冷静核实情况与立即自查
内部自查：公司应迅速组织财务、税务等相关专业人员，对税务申报和缴纳情况进行全面自查。这包括仔细审查账目、凭证、纳税申报单等资料，以确认是否存在偷税行为，以及具体的偷税项目、金额和时间段。
与员工沟通：在自查的同时，公司可以尝试以平和的方式与威胁举报的员工取得联系，了解其举报的具体缘由、依据及掌握的证据。沟通时，公司应保持诚恳的态度，避免激化矛盾，但绝不能涉及对违法行为的诱导、威胁或阻碍调查。
二、积极配合多方调查
配合税务机关：如果税务机关介入调查，公司应积极主动配合，及时、完整地提供所需资料和信息，如实说明企业的经营和纳税情况。
配合其他机关：若偷税行为涉嫌犯罪，公安机关、人民检察院或人民法院也可能介入。公司应同样积极配合这些机关的调查或审理工作，确保信息的准确性和完整性。
三、依法补缴税款与接受处罚
补缴税款和滞纳金：如果自查或税务机关调查确认存在偷税行为，公司应尽快按照税务机关的要求，足额补缴所偷逃的税款及滞纳金。这是减轻法律责任和负面影响的关键步骤。
接受罚款与可能的刑事责任：根据相关法律法规，公司可能面临不缴或少缴税款的百分之五十以上五倍以下的罚款。若偷税行为构成犯罪，公司还可能面临刑事处罚。因此，公司应做好接受相应处罚的准备。
四、全面加强内部管理
完善税务管理：公司应以此次事件为契机，全面审视和完善税务管理制度和流程。加强内部财务和税务人员的培训，提高税务合规意识和业务水平，确保未来税务申报的准确性和合规性。
建立风险预警机制：建立健全税务风险预警机制，及时发现和纠正潜在的税务问题。这有助于防止类似情况再次发生，降低公司的税务风险。
五、依法维护自身权益
处理不实举报：如果举报内容不属实，公司有权向劳动争议仲裁委员会提出申诉或直接向法院提起诉讼，要求员工撤回举报或承担相应法律责任。
应对恶意举报：如果举报人故意捏造事实、诬告陷害，公司可向公安机关报案。根据相关法律法规，恶意举报者可能面临刑事处罚。公司应坚决维护自身合法权益，对恶意举报行为进行有力回击。
六、寻求专业法律帮助
在整个应对过程中，公司应聘请专业的税务律师或法律顾问。他们可以为公司提供法律意见和指导，协助分析案件情况，评估法律风险，并制定合理的应对策略。律师还可以代表公司与税务机关、其他相关部门及员工进行沟通和协商，确保公司的合法权益得到充分保障。
综上所述，面对员工威胁公司偷税漏税的情况，公司应保持冷静、积极应对，通过合法、合理的方式解决问题，并加强内部管理以防止未来类似问题的发生。同时，寻求专业法律帮助是维护公司合法权益的重要途径。