结论：签了内部房产赠与协议后办理直系亲属自由定价过户，赠与协议本身的有效性通常不受影响，但需满足一定条件且可能涉及税务等问题。以下从多个角度进行分析：
赠与协议的有效性
协议本身的法律效力：
- 赠与协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的，自成立时即具有法律效力。因此，只要赠与协议是双方自愿签订，内容合法，就应当认定为有效。
过户行为对赠与协议的影响：
- 办理直系亲属自由定价过户，是赠与协议履行的一部分。过户行为本身并不改变赠与协议的法律效力，而是赠与协议执行的一个环节。只要过户行为符合相关法律法规的规定，且双方按照赠与协议的约定履行了各自的义务，赠与协议就仍然有效。
税务问题
直系亲属自由定价过户的税务处理：
- 直系亲属之间房产赠与，虽然可以自由定价，但税务部门在征税时，通常会按照房产的市场价值来评估。赠与方可能需要缴纳个人所得税（在某些情况下可能免征，如继承或遗赠取得的房产再次转让时可能享受免税政策，但直系亲属间的赠与一般不直接免征个人所得税，而是可能按照“财产转让所得”项目计征，具体根据当地税务政策而定），受赠方则需要缴纳契税等。
税务对赠与协议的影响：
- 税务问题虽然不影响赠与协议本身的法律效力，但可能影响双方履行赠与协议的意愿和成本。如果税务负担过重，双方可能会重新考虑赠与的可行性或调整赠与方式。
实际操作建议
确保赠与协议合法有效：
- 在签订赠与协议时，应确保双方具有完全民事行为能力，协议内容合法、明确，且双方自愿签订。必要时，可以请专业律师起草或审核赠与协议。
了解并遵守税务规定：
- 在办理过户前，应了解当地税务部门对直系亲属间房产赠与的税务规定，确保按照规定缴纳相关税费。避免因税务问题导致赠与协议无法履行或产生法律纠纷。
办理过户手续：
- 按照当地房地产管理部门的要求，准备相关材料并办理过户手续。确保过户过程合法、合规，以保障双方的权益。
后续思考依据：如果在实际操作过程中遇到任何问题或疑问，如税务处理、过户手续等，建议及时咨询当地房地产管理部门或税务部门，也可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。