针对基本农田被占用20多年的情况，核心结论是：需根据占用主体、占用程序、当前土地状态等综合判断法律责任及救济途径，具体分以下情况处理：

1. 若占用主体是政府或公共项目（如修路、建学校等）

• 程序合法性审查：需先确认占用是否经过法定审批程序（如是否取得省级政府批准、是否完成农用地转用审批、是否落实耕地占补平衡等）。若程序合法，即使占用多年，土地性质已变更，原使用权人通常只能主张补偿（如土地补偿费、安置补助费、青苗补偿费等），但需注意补偿标准可能因时间久远需按现行政策调整。
  
• 程序违法处理：若占用未履行审批程序（如未批先占、少批多占），则属于违法行为。根据《土地管理法》第77条，县级以上政府自然资源主管部门可责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物，并可处罚款；若涉及犯罪（如非法占用农用地罪），还可能追究刑事责任。此时，原使用权人可向自然资源部门举报，或通过行政复议、行政诉讼要求确认占用违法并恢复土地原状（若土地未被彻底破坏且符合复垦条件）。
  

2. 若占用主体是企业或个人（如建厂、盖房等）

• 历史遗留问题处理：若占用发生在2004年《土地管理法》修订前，且当时未明确禁止基本农田占用，可能适用“法不溯及既往”原则，但需结合地方政策判断。若占用发生在2004年后，则明确违法，原使用权人可依据《土地管理法》第77条要求退还土地、拆除建筑物；若土地已被转让或多次流转，还需追查各环节责任人。
  
• 补偿与赔偿主张：若土地已被征收但补偿未到位，可依据《土地管理法实施条例》第32条要求补足补偿；若占用行为导致土地毁损（如硬化、污染），可依据《民法典》第1229条主张生态修复费用或损失赔偿。
  

3. 当前土地状态的关键影响

• 土地未被彻底破坏：若基本农田的耕作层未被完全破坏（如未硬化、未污染），原使用权人可要求恢复耕种条件并返还土地；若已破坏但可复垦，可要求占用方承担复垦费用。
  
• 土地已被征收或性质变更：若土地已被依法征收为建设用地并纳入国土空间规划，原使用权人通常只能主张补偿，无法要求返还土地；若征收程序违法，可主张撤销征收决定并恢复土地原状。
  

4. 维权步骤建议

• 第一步：固定证据：收集土地承包合同、权属证书、占用现场照片/视频、证人证言等，证明土地性质（基本农田）及占用事实。
  
• 第二步：查询审批文件：向当地自然资源部门申请政府信息公开，确认占用是否经过审批、审批范围是否与实际占用一致。
  
• 第三步：选择救济途径：根据占用性质选择举报（向自然资源部门）、行政复议（对审批行为不服）或行政诉讼（确认占用违法）；若涉及民事赔偿，可单独提起民事诉讼。
  

特别提醒：基本农田保护是法律红线，任何占用行为均需严格审批。若您是原土地使用权人，建议尽快行动，避免因时间过长导致证据灭失或土地状态不可逆变化。如有具体细节（如占用主体、土地现状等），可进一步向我说明，我会为您分析更精准的维权方案。