一个企业名下拥有1000多个商标本身并不违法。商标是企业的重要资产，用于区分商品或服务的来源，企业可以根据自身经营需要和战略规划，申请并注册多个商标。以下是对此问题的详细分析：

商标注册的合法性

1. 商标注册的基本原则：商标注册遵循自愿原则，企业有权根据自身需要申请注册商标。只要商标符合《商标法》的相关规定，如具有显著性、不侵犯他人在先权利等，就可以被核准注册。

2. 商标数量的限制：法律并未对单个企业可以注册的商标数量设置上限。因此，企业名下拥有大量商标并不违反法律规定。

商标注册的合理性

1. 企业经营策略：企业可能出于品牌保护、市场拓展、多元化经营等考虑，申请注册多个商标。例如，企业可能在不同商品或服务类别上注册商标，以防止他人恶意抢注或混淆。

2. 商标管理成本：虽然拥有大量商标本身不违法，但企业需要考虑商标的管理成本。包括商标续展、变更、转让等手续的费用，以及商标监测、维权等成本。因此，企业在申请注册商标时，应合理规划，避免不必要的浪费。

可能的法律风险

1. 商标闲置与撤销：如果企业注册了大量商标但长期不使用，可能面临被他人提出撤销申请的风险。根据《商标法》的规定，连续三年不使用的商标，任何单位或个人可以向商标局申请撤销该注册商标。

2. 恶意注册与侵权：企业在申请注册商标时，应避免恶意抢注他人知名商标或侵犯他人在先权利。否则，可能面临法律纠纷和赔偿责任。

建议与措施

1. 合理规划商标策略：企业应根据自身经营需要和战略规划，合理申请注册商标。避免盲目申请大量商标，导致管理成本增加和法律风险上升。

2. 加强商标管理：企业应建立完善的商标管理制度，包括商标的申请、注册、续展、变更、转让等手续的管理，以及商标的监测和维权工作。确保商标的合法性和有效性。

3. 咨询专业律师：在商标申请注册和管理过程中，企业可以咨询专业律师的意见和建议。以确保商标的合法性和有效性，降低法律风险。

如果您在商标注册、管理或维权方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。