《民法典》能与《保障农民工工资支付条例》配套实施，二者在法律适用上相互补充、共同保障农民工工资权益。具体分析如下：

1. 法律位阶与适用关系
   《民法典》作为民事法律基本法，规定了合同、侵权、物权等基础民事法律关系，适用于所有平等主体间的民事活动；《保障农民工工资支付条例》作为国务院制定的行政法规，是针对农民工工资支付问题的专项规范，二者属于一般法与特别法的关系。根据法律适用原则，特别法有规定的优先适用特别法（《条例》），特别法未规定的则适用一般法（《民法典》）。例如：

   • 若农民工与用人单位因工资支付发生合同纠纷，可依据《民法典》合同编主张违约责任，同时结合《条例》中关于工资支付形式、周期等强制性规定，强化用人单位义务；
     
   • 若用人单位拖欠工资且拒不改正，农民工可依据《条例》要求劳动行政部门介入，并依据《民法典》主张因拖欠工资产生的利息或违约金。

2. 核心制度衔接

   • 工资支付保障：《条例》通过设立工资专用账户、实名制管理、工资保证金等制度，强化工资支付监管；《民法典》则通过合同效力、物权保护等规则，保障农民工对工资的财产权。例如，若用人单位将工资挪作他用，农民工可依据《民法典》第235条主张返还财产，同时依据《条例》要求行政部门处罚用人单位。
     
   • 违约与侵权责任：若用人单位拖欠工资导致农民工生活困难，除依据《条例》追讨工资外，还可依据《民法典》第1179条主张因侵权造成的损失（如医疗费、误工费等），形成双重救济。
     
   • 工程款与工资分离：《条例》明确规定工程款与工资不得混同，若建设单位拖欠工程款导致农民工工资无法支付，农民工可依据《民法典》第807条（建设工程价款优先受偿权）间接保障工资权益，同时依据《条例》直接向总承包单位或建设单位追讨。

3. 实践中的协同作用
   在司法实践中，法院或仲裁机构处理农民工工资纠纷时，通常同时引用《民法典》与《条例》。例如：

   • 某案例中，法院依据《条例》认定用人单位未按时足额支付工资，同时依据《民法典》合同编判决用人单位支付违约金；
     
   • 另一案例中，行政部门依据《条例》责令用人单位限期支付工资，用人单位仍不履行的，农民工可依据《民法典》第188条（诉讼时效）向法院申请强制执行。

建议：若您或身边人遇到农民工工资支付问题，可结合具体情形选择以下途径：

1. 向当地劳动监察部门投诉（依据《条例》）；
   
2. 申请劳动仲裁或提起民事诉讼（依据《民法典》与《条例》）；
   
3. 对涉及工程款纠纷的，可主张建设工程价款优先受偿权（依据《民法典》）。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用问题。