一个公司存在多个主体员工时，代理案件需根据不同主体间的法律关系及案件性质，采取分情况处理的策略。具体分析如下：

1. 若多个主体员工属于同一公司内部不同部门或分支机构，且案件涉及公司整体利益
   此时可由公司统一委托律师代理案件。需注意：

   • 授权文件需明确代理范围：需出具加盖公司公章的授权委托书，载明被授权人（律师）的代理权限（如一般代理或特别授权）、代理事项（如诉讼、仲裁、和解等）及代理期限。
     
   • 员工身份证明需完备：若需员工作为证人或代理人出庭，需提供劳动合同、社保记录等证明其与公司劳动关系的材料，避免因主体资格问题影响案件进展。
     
   • 内部决策程序需合规：若案件涉及重大利益（如巨额赔偿、知识产权纠纷等），需按公司章程或内部规定履行决策程序（如董事会决议、股东会决议），确保代理行为合法有效。

2. 若多个主体员工属于关联公司（如母公司与子公司、兄弟公司），且案件涉及关联交易或共同责任
   此时需根据关联关系性质及案件事实，确定是否需分别代理或共同代理：

   • 分别代理：若各关联公司法律地位独立，且案件事实仅涉及单一主体（如子公司与第三方签订的合同纠纷），可由各公司分别委托律师代理，避免利益冲突。
     
   • 共同代理：若案件涉及关联公司共同行为（如母公司指令子公司实施侵权行为），或各主体需承担连带责任，可由关联公司共同委托律师代理，但需注意：
     
     • 利益冲突审查：需确保律师与各关联公司之间无利益冲突（如律师曾为其中一方提供过相反法律意见），否则需另行委托不同律师或律师事务所。
       
     • 授权文件需分别签署：各关联公司需分别出具授权委托书，明确代理权限及范围，避免因授权不清导致代理行为无效。
       

3. 若多个主体员工属于劳务派遣或临时用工关系，且案件涉及用工责任
   此时需根据《劳动合同法》及相关司法解释，确定责任主体及代理策略：

   • 劳务派遣中：若员工在派遣期间造成他人损害，由用工单位承担侵权责任；若派遣单位有过错（如未履行培训义务），承担相应补充责任。此时可由用工单位或派遣单位单独委托律师，或根据责任比例共同委托律师。
     
   • 临时用工中：若员工与用人单位未签订劳动合同，但形成事实劳动关系，仍需由用人单位承担用工责任。此时需通过工资支付记录、考勤记录等证据证明劳动关系，再由用人单位委托律师代理。
     

温馨提示：案件代理需以事实为依据，以法律为准绳。若您面临具体案件，建议提供案件背景（如主体关系、纠纷类型、争议焦点等），我将结合《民法典》《公司法》《劳动合同法》等法律法规，为您制定更精准的代理方案。