母公司员工在特定条件下可以代理子公司案件。但具体能否代理，需根据母公司与子公司之间的法律关系、员工的实际工作关联、是否存在利益冲突以及法院的认可情况来综合判断。
作为“工作人员”代理：
- 母公司和子公司通常是相互独立的法人主体。若母公司员工要代理子公司案件，需证明该员工与子公司存在实质的工作关联，如受子公司的实际工作指派、参与子公司的日常业务管理、与子公司签订了正式的劳动合同并由子公司发放工资及缴纳社保等。只有当这些条件得到满足，该员工才能以子公司“工作人员”的身份代理案件。
通过推荐成为诉讼代理人：
- 如果母公司员工不属于子公司的工作人员，还可以通过由子公司所在社区、单位或有关社会团体出具推荐函的方式，成为子公司的诉讼代理人。推荐函必须符合法律规定的形式和要求，且推荐方应具备相应的推荐资格。
特别授权或约定的情形：
- 在母公司和子公司之间存在特别的授权或约定，并且这种关系得到了法院的认可的情况下，母公司员工也有可能代理子公司案件。但这种情况较为少见，具体能否代理还需根据法院的具体判断和裁定。
利益冲突问题：
- 关键是确保不存在利益冲突。若案件涉及的事项可能对母公司和子公司产生不同甚至相悖的利益影响，母公司员工应避免代理子公司案件，以确保能公正维护子公司的利益。
综上所述，母公司员工代理子公司案件并非绝对不可行，但需满足特定的条件和要求，并确保不存在利益冲突。在实际操作中，建议提前与法院沟通确认代理资格的有效性，并遵循法律规定谨慎处理相关事宜。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。