结论：小区楼顶被其他业主占用种菜等造成防水层被损坏，责任一般由占用楼顶的业主承担，但具体责任划分还需根据实际情况，如物业是否尽到管理义务等因素来综合判断。
详细分析：
占用楼顶业主的责任：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。楼顶作为建筑物的共有部分，其使用和管理应由全体业主共同决定。若个别业主未经允许擅自占用楼顶进行种菜等活动，并因此造成防水层损坏，该业主应承担相应的侵权责任。
- 责任范围：占用楼顶的业主需负责修复损坏的防水层，并赔偿因此给其他业主造成的损失，如因漏水导致的室内装修损坏、物品损失等。
物业的责任：
- 管理义务：物业作为小区的管理者，有义务对小区的共有部分进行维护和管理，确保共有部分的正常使用和安全。若物业未能及时发现并制止占用楼顶的行为，或者未能及时修复损坏的防水层，物业可能需承担一定的管理责任。
- 责任划分：物业的责任大小取决于其是否尽到了合理的管理义务。如果物业已经采取了必要的措施来防止占用行为的发生，或者及时修复了损坏的防水层，那么物业的责任可能会相对较小。反之，如果物业存在管理疏忽或失职行为，那么其责任可能会相应增大。
其他业主的责任：
- 一般情况：在一般情况下，其他业主对楼顶被占用和防水层损坏并不直接承担责任。他们可以通过业主大会或业主委员会等渠道来维护自己的权益，要求占用楼顶的业主停止侵权行为并赔偿损失。
- 特殊情况：如果其他业主知道或应当知道占用楼顶的行为正在发生，并且有能力制止或报告物业而未采取行动，那么他们可能需承担一定的连带责任。但这种情况较为少见，且需要具体证据来支持。
建议与行动：
- 与占用业主协商：首先，可以尝试与占用楼顶的业主进行协商，要求其停止侵权行为并修复损坏的防水层。如果协商成功，可以签订书面协议来明确双方的权利和义务。
- 向物业反映情况：如果协商无果，可以向物业反映情况，要求物业采取必要的措施来制止占用行为并修复损坏的防水层。物业有义务对小区的共有部分进行维护和管理。
- 寻求法律途径：如果物业也未能解决问题，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。可以向法院提起诉讼，要求占用楼顶的业主承担侵权责任并赔偿损失。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张。
后续思考：
- 加强小区管理：为了避免类似情况的发生，小区可以加强管理力度，制定明确的楼顶使用规定，并加强对共有部分的维护和保养。
- 提高业主意识：通过宣传和教育等方式，提高业主对共有部分的认识和保护意识，鼓励业主积极参与小区的管理和维护工作。
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