双方都同意的情况下，法院调解并不能直接使仲裁条款有效或无效，仲裁条款的效力取决于其本身的合法性和双方的真实意思表示，而非法院调解的结果。但双方同意调解，可能意味着双方愿意通过协商解决争议，这并不影响仲裁条款在后续争议解决中的潜在效力。以下从不同角度进行分析：

仲裁条款的效力基础

1. 合法性：仲裁条款必须符合法律法规的规定，包括但不限于仲裁协议的书面形式、仲裁事项的可仲裁性、选定的仲裁委员会等。如果仲裁条款违反了这些基本要求，那么它将是无效的，无论双方是否同意法院调解。

2. 双方真实意思表示：仲裁条款必须是双方真实意思的表示，不能存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订仲裁条款时受到了不正当的影响，那么该条款可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效。

法院调解与仲裁条款的关系

1. 调解的自愿性：法院调解是基于双方自愿的原则进行的。如果双方都同意通过调解解决争议，那么这并不意味着仲裁条款自动失效。调解只是双方选择的一种争议解决方式，它并不排除双方在调解不成后依据仲裁条款进行仲裁的可能性。

2. 调解对仲裁条款的影响：调解本身并不会对仲裁条款的效力产生直接影响。然而，如果双方在调解过程中达成了新的协议，且该协议明确排除了仲裁条款的适用，那么在这种情况下，仲裁条款将不再对双方具有约束力。但这种情况下的“新协议”必须满足合同成立和生效的要件，包括双方的真实意思表示、合法合规等。

实际操作中的考虑

1. 明确调解与仲裁的关系：在签订仲裁条款时，双方可以明确约定调解与仲裁的关系。例如，可以约定在调解不成的情况下，双方应依据仲裁条款进行仲裁。这样的约定有助于避免后续争议的产生。

2. 注意调解协议的效力：如果双方在调解过程中达成了调解协议，并且该协议已经得到了法院的确认或制作成了调解书，那么该调解协议将具有法律效力。在这种情况下，如果一方违反调解协议，另一方可以依据调解协议向法院申请强制执行，而不是依据仲裁条款进行仲裁。但这并不意味着仲裁条款本身无效，只是在这种情况下，仲裁条款不再被适用。

建议：

• 在签订仲裁条款时，务必确保条款的合法性和双方的真实意思表示，以避免后续争议的产生。
• 如果双方都同意通过调解解决争议，可以在调解协议中明确约定调解与仲裁的关系，以及调解不成后的争议解决方式。
• 在实际操作中，如果遇到关于仲裁条款效力或调解与仲裁关系的问题，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。

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