若行政违法嫌疑人不愿配合鉴定，行政机关可依法采取强制措施或推定相关事实成立，具体处理方式需结合案件实际情况及法律规定综合判断。以下是详细分析：

1. 强制措施的适用
   根据《行政处罚法》第五十六条，行政机关在调查或检查时，当事人或相关人员有义务如实回答询问、协助调查，不得拒绝或阻挠。若嫌疑人无正当理由拒不配合鉴定，行政机关可依法采取强制措施，例如：

   • 强制传唤：对拒不到场的嫌疑人，可强制传唤至指定地点接受调查；
     
   • 直接提取样本：在涉及人身检查或样本采集（如血液、指纹等）时，可由执法人员直接提取，但需符合法定程序（如两名以上执法人员在场、出示证件等）；
     
   • 其他强制手段：如扣押与违法行为相关的物品、封存证据等，具体需根据案件类型和法律规定选择。
     注意：强制措施的实施必须严格遵循法定程序，避免侵犯嫌疑人合法权益，否则可能因程序违法导致证据无效。

2. 事实推定的适用
   若嫌疑人拒不配合鉴定且无合理理由，行政机关可依据《行政处罚法》及相关司法解释，推定其存在违法行为或相关事实成立。例如：

   • 拒不提供鉴定样本：在酒驾、毒驾等案件中，嫌疑人拒绝血液检测的，可推定其存在醉酒或吸毒行为；
     
   • 拒不配合现场检查：在环境污染、安全生产等案件中，嫌疑人拒绝进入现场或提供相关资料的，可推定其存在违法事实。
     关键点：推定需以“无正当理由拒不配合”为前提，且需结合其他证据（如证人证言、监控录像等）形成完整证据链，避免单独依赖推定结论。

3. 程序合法性保障
   无论采取强制措施还是事实推定，行政机关均需确保程序合法：

   • 告知义务：实施强制措施前，需向嫌疑人说明理由、依据及权利义务；
     
   • 记录在案：对拒不配合的行为及强制措施实施过程，需全程记录（如执法记录仪、书面笔录）；
     
   • 救济途径：告知嫌疑人有权申请行政复议或提起行政诉讼，保障其申诉权。
     风险点：若程序存在瑕疵（如未履行告知义务、强制措施超出必要限度），可能导致行政行为被撤销或确认违法。

4. 特殊情形处理

   • 嫌疑人因健康原因无法配合：如嫌疑人因疾病、伤残等客观原因无法提供样本或接受检查的，行政机关需暂停强制措施，并寻求其他证据（如医疗记录、证人证言）；
     
   • 嫌疑人逃匿或下落不明：可依法公告送达鉴定通知，逾期仍不配合的，可结合其他证据推定事实，或申请法院强制执行。

建议：行政机关在处理此类案件时，应优先通过说服教育、法律释明等方式引导嫌疑人配合；若确需采取强制措施，需严格遵循法定程序，并注重证据的完整性和合法性。如有复杂情况，可进一步向我咨询具体案件的处理策略。