在刑事案件中，如果当事人不配合鉴定，这确实会给案件的审理带来一定的挑战，但司法机关有一系列措施来应对这种情况，以确保司法程序的顺利进行和案件的公正审理。以下是对此问题的详细解答：
一、当事人不配合鉴定的法律后果
视为放弃举证与不利推定：
- 如果当事人负有举证责任，且申请鉴定得到了法院的准许，但拒不配合，那么这将被视为放弃举证。在这种情况下，当事人需要承担对案件事实举证不能的不利后果。
- 法院有权根据案件的具体情况，推定申请鉴定一方所主张的待鉴定案件事实成立。
影响案件事实的认定与权益实现：
- 司法机关会明确告知当事人拒不配合司法鉴定的法律后果，包括可能影响案件事实的认定以及自身权益的实现。
二、针对不同角色的处理措施
犯罪嫌疑人、被告人：
- 司法机关会首先告知其拒不配合的法律后果，并责令其配合鉴定。
- 在特殊情况下，如涉及案件关键事实且有必要进行鉴定时，司法机关有权依法进行强制检查，但会严格保障当事人的基本权利。
- 若无正当理由拒不配合，法院可基于案件具体情况作出对其不利的推定。
被害人：
- 司法机关会与被害人充分沟通，解释司法鉴定的重要性，以促使其配合。
- 在保障被害人合法权益的前提下，要求其配合鉴定，并明确告知不配合可能影响其自身权益的实现。
- 若被害人因特殊原因难以配合，司法机关可采取特殊措施，如心理辅导、允许陪同等。但无正当理由且经多次沟通仍拒不配合时，可能会影响其主张的权益。
证人：
- 司法机关会对证人进行说服教育，强调如实作证和配合鉴定的义务及意义。
- 若证人经说服教育后仍拒不配合，司法机关可根据情节轻重予以训诫、责令具结悔过，甚至处以罚款或拘留。
三、司法机关的综合应对措施
采取强制措施：
- 在必要时，侦查机关可依法采取强制手段确保鉴定的顺利进行，如强制带离、强制检查等，但这些措施必须严格依法进行，并保障当事人的基本权利。
综合其他证据研判：
- 即使当事人不配合鉴定，司法机关也会综合其他证据进行研判，如物证、书证、证人证言等，以尽可能准确认定案件事实。
解释法律后果与促使其配合：
- 司法机关会向不配合鉴定的当事人详细解释可能的法律后果，包括对其案件处理的不利影响，以促使其履行配合义务。
四、当事人的应对建议
了解权利与义务：
- 当事人应了解自己在刑事案件中的权利和义务，包括配合司法鉴定的义务。
积极配合鉴定：
- 为了维护自己的合法权益和确保案件的公正审理，当事人应积极配合司法鉴定工作。
寻求法律援助：
- 如果当事人对鉴定有异议或担心鉴定结果对自己不利，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见，以了解自己的法律权益和可行的救济途径。
考虑替代性证据：
- 如果当事人确实无法配合鉴定，可以尝试寻找其他替代性证据来证明自己的主张，如提供其他相关证据或证人证言等。
综上所述，刑事案件中当事人不配合鉴定会产生严重的法律后果。司法机关会根据具体情况采取相应的处理措施以确保案件的公正审理和司法程序的顺利进行。同时，当事人也应充分认识到配合司法鉴定的重要性和必要性，以避免不必要的法律风险和损失。