核心结论：闲置土地协议收回后，能否以再次出让后的收购款进行付款，需根据具体协议约定、土地出让程序及相关法律规定综合判断，存在以下两种主要情形：

1. 若原协议明确约定以再次出让款项支付收购款
   若政府与原土地使用权人签订的《闲置土地处置协议》或《收回国有土地使用权协议》中，明确约定“土地收回后，政府将该土地再次出让所得价款中的一定比例或金额，直接用于支付原土地使用权人的补偿款（或收购款）”，则该约定具有法律效力。

   • 法律依据：根据《闲置土地处置办法》第十二条，政府与土地使用权人协商一致后，可采取协议有偿收回的方式处置闲置土地，补偿条款属于双方合意范围，只要不违反法律强制性规定（如国有资产流失、税收优先等），即受法律保护。
     
   • 操作要点：需确保协议中明确约定付款条件（如再次出让的时间、价款分配比例）、付款主体（政府或受让人）及违约责任，避免因条款模糊引发纠纷。

2. 若原协议未约定或约定不明，则需分情况处理

   • 情形一：政府直接支付收购款
     若协议未涉及再次出让款项，政府通常需以自有财政资金支付收购款。此时，土地再次出让的价款与原收购款无直接关联，原土地使用权人无权要求从再次出让款项中优先受偿。
     
   • 情形二：通过土地储备中心中转支付
     部分地区实践中，政府可能先将土地划入土地储备库，再由土地储备中心组织再次出让。若原协议约定“收购款由土地储备中心从再次出让收入中支付”，则需满足以下条件：
     
     1. 土地储备中心需为独立法人主体，且协议双方（政府与原使用权人）均同意该支付方式；
        
     2. 再次出让收入需优先扣除相关税费、土地开发成本后，剩余部分方可用于支付收购款；
        
     3. 需符合《土地储备管理办法》中关于资金管理的规定（如专款专用、财政监管等）。
        
   • 风险提示：若再次出让失败或价款不足，原土地使用权人可能面临收购款无法全额支付的风险，需在协议中约定保底条款（如政府兜底补足）或担保措施。

补充建议：

• 审查协议条款：建议核对原协议中关于付款方式、资金来源的约定，明确是否存在“以再次出让款项支付”的条款；
  
• 关注地方政策：部分地区对闲置土地收回后的补偿标准、付款程序有特殊规定（如《XX省闲置土地处置实施细则》），需结合当地政策进一步分析；
  
• 协商补充协议：若原协议未约定且双方有意采用再次出让款项支付，可签订补充协议明确权利义务，并办理公证或备案手续增强效力。
  

如有具体协议文本或地方政策文件，可进一步提供细节，我将为您分析条款合法性及操作可行性。