关于“土地使用权是否可以协议收回”的问题，答案是肯定的，土地使用权确实可以通过协议的方式收回。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律依据

根据《中华人民共和国土地管理法》第五十八条以及《中华人民共和国城市房地产管理法》第二十条的规定，为了公共利益的需要，或者为了实施城市规划进行旧城区改建而需要调整使用土地时，经有关人民政府土地行政主管部门报原批准用地的人民政府或者有批准权的人民政府批准，可以收回国有土地使用权。在收回国有土地使用权的过程中，应当对土地使用权人给予适当的补偿。

二、协议收回的流程与要点

1. 协商确定补偿：

   • 收回土地使用权时，补偿标准和补偿金额应当根据使用土地的实际年限、土地开发利用程度、市场地价水平等实际情况进行协商确定。
   • 双方（即土地收回方和土地使用权人）需要就补偿事宜进行友好协商，并达成一致意见。

2. 签订收回协议：

   • 在协商一致的基础上，双方需要签订土地使用权收回协议。
   • 协议中应明确收回土地的具体位置、面积、补偿方式、补偿金额、支付时间等关键条款。

3. 履行协议义务：

   • 土地使用权人需要按照协议约定的时间将土地使用权交还给收回方。
   • 收回方则需要按照协议约定的时间和方式支付补偿款。

三、实际案例分析

以某棉织厂诉某区政府等土地行政补偿案为例，该案中，湛江市发展和改革局作出批复，同意迁建湛江中心人民医院，该项目用地包含了再审申请人XX棉织厂位于XX区康宁路61号的土地及地上附着物。随后，XX区政府经批准决定收回XX棉织厂的涉案土地，并与XX棉织厂、XX村委会协商订立了《收回土地使用权协议书》。在协议中，双方明确了补偿款总额、土地补偿款计算方式等关键条款，并签字确认。XX棉织厂在协议上签字确认，并已实际领取补偿款，应认为是其真实意思表示。

四、注意事项

1. 确保协议合法有效：

   • 协议内容应符合相关法律法规的规定，不得违反法律强制性规定。
   • 协议签订过程中应确保双方意思表示真实、自愿，无欺诈、胁迫等情形。

2. 明确违约责任：

   • 协议中应明确双方的违约责任，以便在出现违约情况时能够依法追究责任。

3. 妥善保管协议文件：

   • 双方应妥善保管协议文件，以备后续可能出现的争议或纠纷。

综上所述，土地使用权确实可以通过协议的方式收回，但需要遵循相关法律法规的规定，并确保协议的合法性和有效性。在协议收回过程中，双方应友好协商、明确权利义务，并妥善履行协议义务。