结论：种植户租种个人基本农田超三百亩并收取管理费是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及土地流转的合法性、管理费的性质及双方约定等因素。以下从不同角度进行分析：
一、土地流转的合法性
土地流转的基本原则：
- 根据《农村土地承包法》等相关法律法规，农村土地承包经营权可以依法流转。流转应遵循平等、自愿、有偿的原则，任何组织和个人不得强迫或者阻碍承包方进行土地承包经营权流转。
流转面积的限制：
- 对于基本农田的流转，虽然法律没有直接规定流转面积的上限，但流转应符合当地土地利用总体规划和农业产业发展规划，不得改变土地用途，即不得用于非农建设。
- 如果流转面积过大，可能涉及土地规模化经营的问题，需要遵守当地关于土地规模化经营的相关规定，如是否需要经过相关部门审批等。
流转合同的签订：
- 土地流转应签订书面流转合同，明确双方的权利义务，包括流转期限、流转费用、土地用途等。
- 如果种植户与土地承包方签订了合法的流转合同，且合同内容符合法律法规的规定，那么流转行为本身是合法的。
二、管理费的性质及合法性
管理费的性质：
- 管理费通常指一方为另一方提供管理服务而收取的费用。在土地流转中，如果种植户为土地承包方提供了管理服务（如土地整理、灌溉、施肥等），并因此收取管理费，那么这种费用在性质上是合理的。
管理费的合法性：
- 管理费的收取是否合法，主要取决于双方是否有约定以及约定是否合法。如果双方在流转合同中明确约定了管理费的收取标准和方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么管理费的收取是合法的。
- 如果双方没有约定管理费，或者约定不明确，那么种植户单方面收取管理费可能缺乏法律依据，可能构成不当得利或违约行为。
三、具体建议
审查流转合同：
- 建议种植户和土地承包方仔细审查流转合同，确保合同内容合法、明确，特别是关于流转面积、流转期限、流转费用（包括管理费）等关键条款。
遵守当地规定：
- 如果流转面积较大，建议咨询当地农业部门或土地管理部门，了解是否需要经过审批或备案等程序。
协商解决争议：
- 如果双方在管理费收取问题上存在争议，建议通过协商解决。协商不成的，可以寻求第三方调解或依法向人民法院提起诉讼。
总结：种植户租种个人基本农田超三百亩并收取管理费是否合法，需根据土地流转的合法性、管理费的性质及双方约定等因素综合判断。如果双方签订了合法的流转合同，并明确约定了管理费的收取标准和方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种行为是合法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。