合同主体中途变更时，前期费用的发票开具问题需根据变更性质及合同约定分情况处理，具体如下：

1. 若合同主体变更属于债权债务概括转移（如合并、分立、整体转让）
   根据《民法典》第五百五十四条，原合同权利义务由新主体承继的，前期费用发票应由原合同主体开具。但需注意：

   • 若变更时三方（原主体、新主体、相对方）签订补充协议明确约定发票由新主体开具，且税务机关认可该安排（如完成税务登记信息变更），则可由新主体开具；
     
   • 实务中需同步办理税务信息变更登记，避免发票被认定为“虚开”（如开票方与收款方不一致）。

2. 若合同主体变更属于特定权利义务转让（如部分资产或业务转让）
   需区分费用性质：

   • 已履行部分的费用：若原主体已实际提供服务/货物，发票应由原主体开具，新主体无需承担开票义务；
     
   • 未履行部分的费用：若变更后由新主体继续履行合同，后续费用由新主体开具发票，但前期费用仍需原主体开具。
     例外：若三方协议明确约定前期费用由新主体“代开”且原主体配合完成税务流程（如红字冲销原发票后重开），可按协议执行。

3. 若合同主体变更因违约导致（如原主体无法履约，由第三方接替）
   此时属于合同解除后的新合同关系，前期费用发票仍应由原主体开具（若已履行），新主体仅对变更后的费用负责开票。若原主体拒不开票，相对方可依据《发票管理办法》第十九条要求其开具，或向税务机关举报。

实务建议：

• 优先在变更协议中明确发票开具主体、方式及税务责任承担条款；
  
• 变更后及时向税务机关备案，确保开票信息与税务登记一致；
  
• 若涉及跨税种（如增值税、企业所得税）或跨境交易，需提前评估税务合规风险。
  

如有具体合同条款或变更场景需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。