结论：在食品企业单位上班的合同工体检不合格是否会被公司辞退，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、可以辞退的情况
岗位有特定健康要求且事先明确告知：
- 食品行业对员工的健康状况有严格要求，特别是针对传染性疾病等可能影响食品安全的疾病。若您所在的岗位对身体健康有明确、合理的要求，且公司在招聘时已向您明确说明，而您体检不合格不符合该岗位健康标准的，公司有权解除劳动合同。例如，若您被查出患有传染性疾病，且该疾病可能通过食品传播给消费者，公司基于食品安全考虑，可以辞退您。
- 关键点：公司需确保在招聘时已将健康要求作为录用条件之一，并有证据证明已明确告知您。
试用期内且体检结果影响录用条件：
- 如果您处于试用期，且公司在招聘时已将体检合格作为录用条件之一，您体检不合格未达到该条件的，公司可以依据《劳动合同法》关于试用期解除劳动合同的规定辞退您。
- 关键点：公司需有证据证明其在招聘时明确将体检合格作为录用条件，以及您不符合该条件的具体情况。
医疗期满无法胜任工作：
- 若您已经入职，在公司年度体检中检查不合格，或因病不能胜任原工作也不能从事另行安排的工作，且医疗期满的，公司可以辞退您，但需依法支付经济补偿金。
- 经济补偿计算方式：经济补偿按您在本公司工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向您支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。若您月工资高于公司所在地区上年度员工月平均工资三倍的，向您支付经济补偿的标准是您月平均工资的三倍，且最高不得超过十二年。
二、不可以辞退的情况
体检不合格与工作岗位无必然联系：
- 如果您的体检不合格项目并非与工作相关的关键健康指标，或者不影响您正常履行工作职责，公司不能仅仅以体检不合格为由辞退您。例如，若您视力下降但工作岗位对视力无特殊要求，公司不能因此辞退您。
医疗期内：
- 在医疗期内，您有权进行治疗和休养，公司不得因此辞退您。即使您体检不合格，也需在医疗期满后根据您是否能胜任工作再做决定。若公司在医疗期内辞退您，属于违法辞退，您有权要求公司支付赔偿金，赔偿金的标准通常是经济补偿标准的二倍。
三、特殊疾病与辞退关系
- 若您体检不合格是因为患有传染病或其他可能影响工作的疾病，且该病会危害公共安全或严重影响工作任务完成，公司可能会根据劳动法相关规定辞退您，并可能需要支付经济补偿。然而，若疾病并不影响工作，或公司辞退您的理由与体检结果无直接关联（如因经营困难裁员），则公司仅凭体检结果辞退您是违法的。
建议：面对体检不合格的情况，您应首先了解自己的权益和法律规定。若公司以此为由辞退您，您有权要求公司说明理由，并核实该理由是否合法合理。如有必要，您可以寻求法律帮助，通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。