结论：助理医师注册在诊所行医是否算非法行医，需根据具体情况判断。一般情况下，若助理医师未经执业医师指导单独执业，则构成非法行医；但在特定条件下，如执业助理医师在乡、民族乡、镇和村医疗卫生机构以及艰苦边远地区县级医疗卫生机构中执业，且符合相关规定，则可以在一定范围内独立从事医疗活动，不构成非法行医。

详细分析：

1. 非法行医的一般认定：

   • 根据《中华人民共和国执业医师法》等相关法律法规，助理医师并不具备独立从事医疗活动的资格。若助理医师在没有执业医师指导的情况下，擅自开展诊断、治疗等医疗行为，如独自坐诊看病、开具处方、进行手术操作等，这些行为通常会被视为非法行医。这是因为助理医师的专业知识和技能相对有限，独立执业可能难以确保医疗质量和患者安全。

2. 合法执业的特殊情形：

   • 在特定地区和机构中，如乡、民族乡、镇和村医疗卫生机构以及艰苦边远地区县级医疗卫生机构，由于医疗资源有限，执业助理医师可以在一定范围内独立从事医疗活动。但这种独立执业必须符合相关法律法规的规定，且通常是在满足一定条件（如经过特定培训、具备相应经验等）的情况下进行。在这种情况下，助理医师的执业行为是合法的，不构成非法行医。

3. 非法行医的法律后果：

   • 非法行医是一种严重危害医疗秩序和患者健康安全的行为。对于非法行医的助理医师，情节严重的将面临法律制裁，包括但不限于罚款、吊销执业证书，甚至可能承担刑事责任。因此，助理医师必须严格遵守相关法律法规，不得擅自独立执业。

4. 对诊所和助理医师的建议：

   • 诊所方面：应加强对助理医师的管理和培训，确保其依法依规执业。在安排助理医师参与医疗活动时，应确保有执业医师在场指导，以避免非法行医的风险。
   • 助理医师方面：应严格遵守相关法律法规，不得在无执业医师指导的情况下单独执业。同时，应不断提升自己的专业知识和技能水平，为将来的独立执业做好准备。

总结与提醒： 助理医师注册在诊所行医是否构成非法行医，关键在于其是否在执业医师的指导下进行医疗活动，以及是否符合特定地区和机构中的独立执业条件。为了保障医疗质量和患者安全，助理医师和诊所都应严格遵守相关法律法规，确保医疗行为的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。