助理医师在未经执业医师指导的情况下单独执业，通常会被认定为非法行医。以下是对此问题的详细分析：
非法行医的认定：
- 根据《中华人民共和国执业医师法》等相关法律法规，助理医师不具备独立从事医疗活动的资格。若助理医师在没有执业医师指导的情况下擅自开展诊断、治疗等医疗行为，将被视为非法行医。这是因为助理医师的专业知识和技能的全面性以及独立处理复杂医疗问题的能力相对有限，独立执业难以确保医疗质量和患者安全。
合法执业的情形：
- 在执业医师的指导和监督下，助理医师可以在相应的医疗、预防、保健机构中按照其执业类别合法执业。例如，在乡镇卫生院、村卫生室或社区卫生服务中心等基层医疗机构，当执业医师在场时，助理医师可以协助进行一些医疗工作，这种情形下的执业行为是合法的。
- 另外，根据《中华人民共和国执业医师法》的规定，在乡、民族乡、镇的医疗、预防、保健机构中工作的执业助理医师，可以根据医疗诊治的情况和需要，独立从事一般的执业活动。
非法行医的法律后果：
- 非法行医是一种严重危害医疗秩序和患者健康安全的行为。对于非法行医的助理医师，情节严重的将面临法律制裁，包括罚款、吊销执业证书，甚至可能承担刑事责任。
综上所述，助理医师是否构成非法行医，关键在于其是否在执业医师的指导下进行医疗活动，或者是否满足在乡、镇级别的医疗、预防、保健机构中独立从事一般的执业活动的条件。为了保障医疗质量和患者安全，助理医师应严格遵守相关法律法规，不得擅自独立执业。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。