在鱼塘怀疑被投毒的情况下，一般应由公安机关或相关司法机关委托专业的鉴定机构进行鉴定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、鉴定主体的确定
公安机关：在刑事案件中，如果怀疑鱼塘被投毒，这通常涉及到破坏生产经营罪、故意毁坏财物罪或投放危险物质罪等刑事犯罪。此时，公安机关作为刑事侦查机关，有权也有义务对投毒事件进行调查，并委托专业的鉴定机构对鱼塘水质、鱼类死亡原因等进行鉴定，以收集证据，查明事实真相。
司法机关：在民事诉讼或行政诉讼中，如果鱼塘主认为其权益受到侵害，并怀疑是投毒所致，可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院可能会根据案件需要，委托专业的鉴定机构进行鉴定，以确定投毒事实是否存在，以及投毒与鱼类死亡之间的因果关系。
二、鉴定机构的选择
鉴定机构应具备相应的资质和专业技术能力，能够准确、科学地进行鉴定。一般来说，可以选择以下类型的鉴定机构：
环境监测机构：可以对鱼塘水质进行检测，分析水中是否含有有毒物质，以及有毒物质的种类和浓度。
渔业科研机构或水产技术推广站：这些机构通常具备丰富的渔业知识和实践经验，能够对鱼类死亡原因进行鉴定，判断是否是由于投毒所致。
司法鉴定机构：在刑事诉讼或民事诉讼中，法院可能会委托司法鉴定机构进行鉴定。这些机构通常具备法定的鉴定资质，能够出具具有法律效力的鉴定报告。
三、鉴定流程
报案或起诉：鱼塘主在发现鱼塘可能被投毒后，应及时向公安机关报案或向法院提起诉讼。
委托鉴定：公安机关或法院在受理案件后，会根据案件需要委托专业的鉴定机构进行鉴定。
现场勘查与取样：鉴定机构在接受委托后，会前往鱼塘现场进行勘查，并采集水样、鱼样等样本进行检测。
出具鉴定报告：鉴定机构在完成检测后，会出具详细的鉴定报告，说明鱼塘水质情况、鱼类死亡原因以及投毒与鱼类死亡之间的因果关系等。
四、注意事项
保护现场：在发现鱼塘可能被投毒后，鱼塘主应立即保护现场，避免人为破坏或污染，以便鉴定机构能够准确地进行检测。
及时报案或起诉：鱼塘主应及时向公安机关报案或向法院提起诉讼，以便及时启动鉴定程序，查明事实真相。
配合鉴定工作：鱼塘主应积极配合鉴定机构的工作，提供必要的协助和信息，确保鉴定工作的顺利进行。
如果您在鱼塘投毒鉴定方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。