结论：回迁房协议签的是儿子名字，房产证是否可以写母亲的名字，这主要取决于回迁房的性质、当地的政策规定以及具体的协议内容。以下从不同角度进行分析：
回迁房性质与政策规定：
- 回迁房通常属于政策性住房，其分配、转让等可能受到特定政策或规定的限制。如果当地政策明确规定回迁房必须按照协议上的名字进行房产登记，那么房产证上可能无法直接写母亲的名字。
- 如果政策允许在特定条件下（如家庭内部转让、继承等）变更房产登记名字，那么可能存在将房产证名字变更为母亲的可能性。
协议内容与约定：
- 回迁房协议是双方（通常是开发商与回迁户）之间的约定，其中可能明确规定了房产的归属、登记名字等条款。如果协议中明确约定房产证必须写儿子的名字，且没有提供变更登记名字的条款或条件，那么房产证上可能无法直接写母亲的名字。
- 如果协议中未明确规定房产证的名字，或者提供了变更登记名字的条款或条件（如经过双方协商一致、支付一定费用等），那么可能存在将房产证名字变更为母亲的可能性。
实际操作与法律程序：
- 即使政策或协议允许变更房产证名字，实际操作中也可能需要满足一定的条件或程序，如提供相关证明材料、缴纳税费、经过审批等。
- 如果涉及家庭内部转让或继承等法律行为，可能还需要遵循相关的法律程序，如签订转让合同、办理继承公证等。
建议：
- 首先，查阅当地的回迁房政策或规定，了解是否允许变更房产证名字以及具体的条件和程序。
- 其次，仔细审查回迁房协议的内容，看是否有关于房产证名字的约定以及变更登记名字的条款或条件。
- 如果政策或协议允许变更房产证名字，且满足相关条件和程序，可以与开发商或相关部门协商办理变更登记手续。
- 如果涉及复杂的法律问题或纠纷，建议咨询专业的律师或法律机构，以获取更具体、更专业的法律建议。
可能后果：
- 如果未经允许擅自变更房产证名字，可能面临法律纠纷或行政处罚等风险。
- 如果变更房产证名字的过程中存在违法行为或不当操作，也可能对个人的信用记录或财产权益造成不良影响。
因此，在处理回迁房房产证名字变更问题时，务必谨慎对待，遵循相关政策和法律规定，确保操作的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。