结论前置：新房超过90日交付，购房者是有权起诉要求开发商支付违约金的，且在符合条件的情况下，违约金是可以退回的。下面我将从多个角度为您详细分析。
一、法律依据
根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在房屋买卖合同中，开发商未按约定时间交付房屋，即构成违约，购房者有权要求开发商支付违约金。
二、违约金的具体计算与退回
合同有约定：
- 如果房屋买卖合同中明确约定了逾期交房的违约金计算方式，那么购房者可以按照合同约定向开发商主张违约金。
- 例如，合同可能规定逾期交房每日按已付房款的万分之X支付违约金，那么购房者就可以根据这个比例和逾期天数来计算应得的违约金数额。
- 计算公式：违约金 = 已付房款 × 违约金比例 × 逾期天数
合同无约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确约定逾期交房的违约金计算方式，或者约定不明确，那么购房者可以参照相关标准或者根据实际损失情况来主张违约金。
- 在这种情况下，购房者可能需要提供一些证据来证明自己的实际损失，比如因逾期交房而产生的额外租房费用、生活不便等。
三、起诉流程与注意事项
收集证据：
- 购房者需要收集与购房合同、付款凭证、逾期交房通知等相关的证据，以证明开发商存在违约行为。
撰写起诉状：
- 购房者需要撰写起诉状，明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
向法院提起诉讼：
- 购房者需要将起诉状和相关证据材料提交给法院，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。
参与庭审：
- 在庭审过程中，购房者需要积极陈述自己的诉讼请求和事实理由，并回答法官的提问。
执行判决：
- 如果法院判决开发商支付违约金，但开发商拒不履行，购房者可以向法院申请强制执行。
四、特殊情况考虑
- 不可抗力因素：如果开发商因不可抗力因素（如自然灾害、政府行为等）导致逾期交房，且能够提供相关证据证明，那么可能免除或部分免除其违约责任。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。
- 购房者过错：如果购房者在合同履行过程中也存在过错（如未按约定时间支付房款等），那么可能影响其主张违约金的数额或权利。
五、建议与总结
- 及时咨询：如果您遇到新房逾期交房的问题，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
- 保留证据：在处理此类纠纷时，保留好相关证据至关重要。无论是购房合同、付款凭证还是逾期交房通知等，都可能成为您主张权利的关键证据。
- 理性维权：在维权过程中，保持理性态度至关重要。通过合法途径维护自己的权益，避免采取过激行为或非法手段。
总之，新房超过90日交付，购房者是有权起诉要求开发商支付违约金的。在处理此类纠纷时，建议您根据合同约定和实际情况来主张自己的权利，并及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。