当用人单位拖欠工资，劳动者申请支付令后，用人单位可以提出的异议主要包括以下几种情况：
对支付令所载债务本身存在异议：
- 用人单位可能主张并不拖欠劳动者工资，或者已经支付了部分或全部工资。这种情况下，用人单位需要提供相应的证据，如工资支付记录、转账凭证等，来证明其主张。
- 如果用人单位能够证明工资已经支付或不存在拖欠情况，那么支付令将可能被撤销或失效。
对支付令的程序存在异议：
- 用人单位可能认为支付令的申请程序存在瑕疵，如未按照法定程序送达、未给予足够的异议期等。
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果支付令的送达程序不符合法律规定，或者用人单位在法定期限内未收到支付令，那么用人单位有权提出异议，并可能导致支付令被撤销。
对支付令所依据的债权债务关系提出异议：
- 用人单位可能主张与劳动者之间不存在明确的债权债务关系，或者债权债务关系存在争议。
- 例如，用人单位可能认为劳动者未按照约定完成工作任务，因此不应支付全额工资；或者双方对工资的计算方式、标准等存在分歧。
- 在这种情况下，用人单位需要提供相应的证据来支持其主张，如工作记录、考核表、劳动合同等。
法律建议与后果分析：
- 提出异议的后果：一旦用人单位提出有效异议，支付令将可能被撤销或失效。此时，劳动者如果仍想追讨工资，可能需要通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来解决争议。
- 证据的重要性：无论是用人单位还是劳动者，在提出异议或反驳异议时，都需要提供充分的证据来支持自己的主张。因此，建议双方在日常工作中注意保留相关证据，如工资支付记录、工作记录、劳动合同等。
- 法律途径的选择：如果支付令被撤销或失效，劳动者可以根据具体情况选择劳动仲裁或诉讼等法律途径来追讨工资。在选择法律途径时，劳动者应考虑时间成本、经济成本以及胜诉的可能性等因素。
在实际操作中，如果用人单位对支付令有异议，应及时向发出支付令的人民法院提出，并提交相关证据来支持其主张。同时，劳动者也应密切关注支付令的执行情况，并在必要时采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。