结论：您在购买药材被磨成粉后发现被骗，且商家拒绝开具发票并要求补差价，这种情况下，您可以通过多种途径来维护自己的合法权益。以下是我为您详细分析的几种处理方式：
与商家协商：
- 沟通尝试：首先，您可以尝试与商家进行友好沟通，明确表达您的不满和诉求，要求商家开具正规发票，并解释为何不应补差价（如果差价不合理或未事先约定）。
- 保留证据：在沟通过程中，务必保留好所有相关的聊天记录、转账记录、购买凭证等，这些将是后续维权的重要证据。
向消费者协会投诉：
- 投诉渠道：如果与商家协商无果，您可以向当地的消费者协会投诉。消费者协会是保护消费者权益的专门机构，他们会根据您的投诉进行调查，并尝试协调解决纠纷。
- 提供证据：在投诉时，您需要提供详细的购买情况、被骗经过以及相关证据，以便消费者协会能够更准确地了解情况并作出处理。
向税务部门举报：
- 举报内容：商家拒绝开具发票的行为可能涉嫌偷税漏税，您可以向当地的税务部门举报。税务部门会对商家的税务情况进行调查，并根据调查结果进行相应处理。
- 举报方式：您可以通过电话、邮件或现场举报等方式向税务部门提供线索，并配合税务部门的调查工作。
寻求法律途径解决：
- 起诉条件：如果上述途径均无法解决问题，且您认为自己的权益受到了严重侵害，您可以考虑通过法律途径解决。在起诉前，您需要准备好充分的证据，包括购买凭证、聊天记录、转账记录等。
- 诉讼流程：您可以向法院提起民事诉讼，要求商家承担违约责任或赔偿责任。法院会根据双方提供的证据和法律规定进行审理，并作出判决。
关于补差价的问题：
- 合理性分析：如果商家要求补差价，您需要分析差价的合理性。如果差价是由于商家事先未明确告知或存在欺诈行为导致的，您有权拒绝补差价。
- 法律依据：根据《消费者权益保护法》的相关规定，消费者在购买商品时享有知情权、选择权和公平交易权。商家不得通过欺诈、胁迫等手段迫使消费者接受不合理的交易条件。
建议与提醒：
- 在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，避免与商家发生不必要的冲突。
- 及时保留和整理好所有相关证据，以便在需要时能够提供有力的支持。
- 如果对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到有效保障，可以寻求专业律师的帮助。
希望以上分析能够对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。