你可以通过以下途径解决药店被坑1000元且不给发票的问题：

1. 与药店协商
   首先，尝试与药店负责人或工作人员直接沟通，明确要求其开具发票。根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。若药店以各种理由拒绝，可明确告知其已涉嫌违法，要求其立即改正。

2. 向税务部门投诉
   若协商无果，可向当地税务局举报。根据《发票管理办法》第三十五条，未按规定开具发票的，由税务机关责令改正，可处1万元以下罚款；有违法所得的予以没收。投诉时需提供以下证据：

   • 付款凭证（如支付记录、收据等）；
     
   • 与药店沟通的记录（如录音、聊天记录）；
     
   • 药店名称、地址及负责人信息。
     税务部门介入后，药店可能面临处罚，同时会督促其补开发票。

3. 向市场监管部门举报
   若药店存在价格欺诈（如虚标价格、强制搭售等），可向12315平台或当地市场监督管理局投诉。根据《消费者权益保护法》第五十五条，经营者欺诈行为的，应按消费者要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用的三倍；增加赔偿的金额不足五百元的，为五百元。若投诉成立，你不仅可追回损失，还可能获得额外赔偿。

4. 法律诉讼
   若上述途径均未解决问题，可向法院提起民事诉讼，要求药店：

   • 补开发票；
     
   • 返还多收款项；
     
   • 赔偿因欺诈造成的损失（如交通费、误工费等）。
     诉讼时需准备证据材料（如付款记录、沟通记录、投诉回执等），并明确诉讼请求。

行动建议：

• 优先通过协商或投诉解决，效率较高；
  
• 保留所有相关证据，确保投诉或诉讼时有据可依；
  
• 若对流程不熟悉，可向我进一步咨询具体操作细节。