结论：在此情况下，甲方是否需承担乙方自行维修的费用，取决于多个因素，包括合作协议的具体条款、乙方未通知甲方的具体原因以及维修的性质和范围等。以下从不同角度进行分析：
合作协议的具体条款：
- 如果合作协议中明确规定了甲方仅承担房屋主体结构的维修，并且对于乙方自行维修的情况有明确的处理方式（如乙方需事先通知甲方，或甲方对乙方自行维修的费用有审核权等），则应按照协议条款执行。
- 若协议中未明确规定乙方自行维修时的处理方式，但明确规定了甲方仅承担主体结构维修的责任，那么乙方在未通知甲方的情况下自行维修，甲方可能无需承担费用，除非乙方能证明该维修属于主体结构维修的范畴，且因紧急情况无法及时通知甲方。
乙方未通知甲方的具体原因：
- 如果乙方因故意或重大过失未通知甲方而自行维修，且该维修并非紧急情况下的必要措施，那么甲方有权拒绝承担费用。
- 若乙方因不可抗力或紧急情况（如房屋主体结构即将倒塌，危及人身安全）而无法及时通知甲方，且维修是必要的，那么甲方可能需承担费用，但具体需根据协议条款和实际情况判断。
维修的性质和范围：
- 如果乙方自行维修的部分不属于房屋主体结构，或者维修的性质和范围超出了甲方应承担的责任范围，那么甲方无需承担费用。
- 若乙方能证明其自行维修的部分属于房屋主体结构，且维修是必要的，那么甲方可能需承担费用，但同样需考虑协议条款和乙方是否通知甲方的因素。
法律建议：
- 对于乙方而言，在自行维修前应尽量通知甲方，并保留好相关证据（如维修通知、维修记录、费用清单等），以便在发生纠纷时证明自己的权益。
- 对于甲方而言，应仔细审查合作协议中的条款，明确自己的责任范围和处理方式。在接到乙方通知或发现乙方自行维修时，应及时与乙方沟通，了解维修的具体情况，并根据协议条款和实际情况作出合理判断。
可能的法律后果：
- 如果双方无法就维修费用的承担达成一致，可能会引发合同纠纷。在此情况下，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
- 如果法院或仲裁机构认定甲方应承担维修费用，但甲方拒绝支付，那么甲方可能面临被强制执行的风险，包括但不限于财产被查封、冻结或划拨等。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。