若发现国企物资采购合同程序倒置，首先应明确的是，这可能涉及违规操作甚至违法情形，需及时采取措施纠正并防范风险，具体可从以下方面着手处理：

1. 内部核查与报告
   立即组织内部审查，核实程序倒置的具体环节（如先签约后审批、未招标直接签约等），收集相关证据（如合同文本、审批记录、会议纪要等）。根据国企内部管理规定，向合规部门或上级单位报告，说明问题性质、可能后果及整改建议。若涉及重大违规，可能需同步向纪检监察部门报备。

2. 评估合同效力与风险

   • 合同效力：根据《民法典》及国企采购相关规定，若程序倒置导致合同违反效力性强制性规定（如未履行招标程序），合同可能被认定为无效。此时需评估无效后果（如返还财产、赔偿损失等），并制定应对方案。
     
   • 履约风险：若合同已部分履行，需分析继续履行的合规性及潜在风险（如质量纠纷、付款争议等），必要时暂停履行并协商变更或解除合同。

3. 整改与补救措施

   • 程序补正：若程序倒置可补救（如未审批的合同补充审批），应尽快完善手续，确保合同合法性。
     
   • 责任追究：依据国企内部问责制度，对相关责任人（如经办人、审批人）进行追责，涉及违法违纪的移交司法或纪检监察机关。
     
   • 制度完善：修订采购管理制度，明确程序要求及违规处罚条款，加强员工培训，防范类似问题再次发生。

4. 外部沟通与应对

   • 供应商协调：若程序倒置涉及供应商，需坦诚沟通问题，协商解决方案（如重新签订合规合同、调整付款方式等），避免纠纷升级。
     
   • 监管部门沟通：若问题可能引发监管处罚（如财政、审计部门检查），需主动说明情况，配合调查并提交整改报告，争取从轻处理。

5. 法律救济途径
   若因程序倒置导致国企利益受损（如供应商违约、合同无效损失），可依据《民法典》合同编及相关司法解释，通过诉讼或仲裁追究对方责任，要求赔偿损失。

温馨提示：国企物资采购程序倒置可能涉及多重法律风险，建议根据具体情节（如倒置环节、金额、后果等）制定针对性方案。若有进一步疑问或需协助处理，可直接向我咨询，我将结合实务经验为您提供详细解答。