餐厅店长没管理好酒水，不可以直接扣工资。以下是对此问题的详细分析：

1. 工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或拖欠。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，与其工作表现或管理情况是两个不同的法律关系。

2. 管理责任与工资扣除：

   • 餐厅店长作为管理人员，其职责包括确保餐厅的正常运营和管理，包括酒水的管理。如果店长没有管理好酒水，这是其管理职责上的失误，但并不直接构成从工资中扣除的法定理由。
   • 除非用人单位有明确的规章制度，规定管理人员因管理不善导致损失可以从工资中扣除，并且该规章制度已经过劳动者的同意或者公示，否则用人单位不能直接扣除店长的工资。

3. 处理方式：

   • 如果餐厅店长因管理不善导致酒水损失，用人单位应当首先通过内部管理制度进行处理，如警告、罚款、降职等，而不是直接扣除工资。
   • 如果用人单位认为店长的行为构成了严重失职或违反了劳动合同，可以依据劳动合同法的相关规定解除劳动合同，但解除劳动合同并不等同于可以直接扣除工资。

4. 法律建议：

   • 对于餐厅店长来说，如果面临因管理不善而被扣工资的情况，应当首先查看用人单位的规章制度或劳动合同中是否有相关规定，如果没有或者规定不明确，可以拒绝这种扣除，并可以向劳动行政部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。
   • 对于用人单位来说，应当建立健全内部管理制度，明确管理人员的职责和权限，以及因管理不善导致损失的处理方式，避免直接扣除工资而引发劳动争议。

综上所述，餐厅店长没管理好酒水，用人单位不能直接扣除其工资。如果双方因此产生争议，可以通过劳动行政部门或劳动仲裁机构进行调解和处理。