特殊工种年限是否包括农民协议工期间的工作年限，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 特殊工种年限的认定原则：

   • 特殊工种年限的认定，通常依据的是劳动者实际从事特殊工种的工作时间，并且这一认定需要符合国家关于特殊工种的相关规定。特殊工种一般指的是那些在工作过程中可能接触到有毒有害物质、高温、高空、特别繁重体力劳动等对身体健康有较大影响的工种。

2. 农民协议工的身份与特殊工种年限：

   • 农民协议工，作为劳动者的一种身份，其是否从事特殊工种，以及从事特殊工种的时间，是判断其特殊工种年限的关键。如果农民协议工在协议期间实际从事了特殊工种的工作，并且这一工作符合国家关于特殊工种的定义和认定标准，那么其协议期间的工作年限应当计入特殊工种年限。

3. 具体判断因素：

   • 工作性质：首先需要明确农民协议工在协议期间的具体工作内容，判断其是否属于特殊工种范畴。
   • 劳动合同或协议：查看农民协议工与用人单位签订的劳动合同或协议，其中是否明确约定了其从事特殊工种的工作内容、工作时间等。
   • 工作记录与证明：收集农民协议工在工作期间的工作记录、考勤记录、工资单等，以及用人单位或相关部门出具的证明材料，以证明其实际从事了特殊工种的工作。

4. 法律后果与建议：

   • 如果农民协议工期间的工作年限被认定为特殊工种年限，那么这将对其后续的退休、养老金领取等产生重要影响。因为特殊工种的工作年限通常会影响劳动者的退休年龄和养老金计算。
   • 因此，建议农民协议工在协议期间或离职后，及时收集并保存好相关的工作记录和证明材料，以便在需要时能够证明自己的特殊工种年限。同时，如果对于特殊工种年限的认定存在疑问或争议，可以向当地的劳动保障部门或社保机构进行咨询和申诉。

总结来说，特殊工种年限是否包括农民协议工期间的工作年限，取决于农民协议工在协议期间是否实际从事了特殊工种的工作，并且这一工作是否符合国家关于特殊工种的认定标准。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。