结论：工程第3包能否按实际承包人起诉第1包，需分情况讨论，关键取决于合同关系、法律关系及具体诉求，以下分情形说明：

1. 若第3包与第1包存在直接合同关系（如分包、转包合同）

• 法律关系：若第3包的实际承包人与第1包承包人签订了书面或事实上的分包/转包合同，且合同中明确约定了双方权利义务（如工程范围、价款支付、违约责任等），则第3包承包人可直接依据合同起诉第1包承包人，要求履行合同义务（如支付工程款、赔偿损失等）。
• 法律依据：根据《民法典》第793条（建设工程施工合同无效的处理）、第807条（工程价款优先受偿权）等，若合同无效但工程验收合格，第3包承包人仍可参照合同约定主张权利。
• 注意点：需证明合同实际履行（如施工记录、验收文件、付款凭证等），且需排除第1包承包人以“未获发包人同意转包”等抗辩（若转包违法，可能影响合同效力，但不影响实际施工人主张工程款的权利）。

2. 若第3包与第1包无直接合同关系，但第1包为总承包人

• 法律关系：若第3包承包人仅与发包人或第2包承包人签订合同，与第1包无直接合同关系，则一般不能直接起诉第1包，除非存在以下情形：
  • 表见代理：第1包承包人以总承包人名义对外实施行为（如签署文件、接收工程），使第3包承包人合理相信其有代理权，可依据《民法典》第172条主张表见代理，要求第1包承担责任。
  • 连带责任：若第1包与第2包存在共同侵权（如恶意拖欠工程款导致第3包损失），或法律明确规定连带责任（如《建筑法》第67条对转包、违法分包的处罚），第3包可起诉第1包要求连带赔偿。
  • 实际施工人突破合同相对性：根据《建设工程司法解释（一）》第43条，实际施工人（如第3包承包人）可突破合同相对性，直接起诉发包人及转包人/违法分包人（如第1包）要求支付工程款，但需证明自身实际施工且发包人欠付工程款。
• 注意点：实际施工人身份需严格认定（通常需满足“无直接合同关系+实际投入资金/材料/劳力+完成部分或全部工程”），且发包人仅在欠付工程款范围内承担责任。

3. 若第1包为发包人，第3包为实际施工人

• 法律关系：若第1包是工程发包人，第3包为实际施工人（如通过多层转包/分包承接工程），则第3包可直接依据《建设工程司法解释（一）》第43条起诉发包人（第1包）及转包人/违法分包人，要求支付工程款。
• 操作建议：需收集证据证明实际施工事实（如施工合同、工程量签证、结算文件等），并明确发包人欠付工程款的具体金额（可通过审计或申请法院调查取证）。

4. 其他特殊情形

• 挂靠关系：若第3包挂靠第1包承包人名义施工，则第3包与第1包可能构成内部承包关系，第3包可依据内部协议起诉第1包，但对外仍需以第1包名义主张权利。
• 债权转让：若第3包承包人通过债权转让从其他主体处取得对第1包的债权（如第2包将债权转让给第3包），则第3包可依据《民法典》第545条起诉第1包，但需通知债务人（第1包）。

总结建议：

1. 优先梳理合同关系，明确第3包与第1包的法律联系（直接/间接、合同类型等）；
   
2. 收集证据证明实际施工事实及损失（如合同、付款记录、验收文件、沟通记录等）；
   
3. 根据具体诉求选择被告（如仅起诉第1包，或同时起诉发包人、转包人等）；
   
4. 考虑诉讼时效（通常为3年，自知道权利受损之日起算）及管辖法院（工程所在地或被告住所地）。
   

如有进一步细节（如合同内容、纠纷背景等），可随时补充说明，我会为您细化分析。