结论：务工合同中甲方公章盖在乙方处，一般而言，这种盖章方式并不符合常规的合同签署习惯，但并不直接导致合同无效或违法，合同效力需结合其他因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
合同签署的常规要求：
- 在常规的合同签署流程中，甲方和乙方应分别在合同指定的位置（如甲方落款处和乙方落款处）加盖公章或签字，以表明双方对合同内容的认可和接受。
- 如果甲方公章盖在了乙方处，这通常不符合合同签署的常规要求，可能引发对合同真实性和双方意图的质疑。
合同效力的判断因素：
- 双方真实意图：合同效力的核心在于双方是否真实、自愿地表示了同意合同内容。如果甲方确实有意与乙方签订合同，并且乙方也接受了合同内容，即使公章盖在了乙方处，也不应直接否定合同的效力。
- 合同履行情况：合同的履行情况也是判断合同效力的重要因素。如果双方已经按照合同内容履行了各自的义务，这通常表明双方对合同内容是认可的，即使签署方式存在瑕疵，也不应轻易否定合同的效力。
- 其他证据支持：如果有其他证据（如电子邮件、短信、录音等）能够证明双方对合同内容的认可和接受，这些证据也可以作为判断合同效力的依据。
可能的法律后果：
- 合同无效风险：如果甲方公章盖在乙方处被认定为签署方式存在严重瑕疵，且无法证明双方的真实意图和合同履行情况，那么合同可能面临被认定为无效的风险。
- 纠纷解决难度：即使合同被认定为有效，这种不规范的签署方式也可能在后续的纠纷解决中增加难度，因为双方可能对合同内容产生争议，而签署方式的瑕疵可能成为争议点之一。
建议：
- 规范签署流程：为了避免类似的法律风险，建议双方在签署合同时遵循常规的签署流程，确保甲方和乙方分别在合同指定的位置加盖公章或签字。
- 保留证据：在签署合同过程中，双方应保留好相关的证据（如电子邮件、短信、录音等），以证明双方对合同内容的认可和接受。
- 及时咨询：如果双方对合同签署方式或合同内容存在疑问，应及时咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。
总结：务工合同中甲方公章盖在乙方处并不直接导致合同无效或违法，但可能引发对合同真实性和双方意图的质疑。合同效力需结合双方真实意图、合同履行情况和其他证据支持等因素综合判断。为了避免法律风险，建议双方在签署合同时遵循常规的签署流程，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。