结论前置：在两案无法律关系且没有共同事实的情况下，法官合并调解处理是否合法，需分情况讨论。一般情况下，若不符合合并审理的法定条件，法官合并调解可能存在程序瑕疵；但在特定情形下，如当事人同意或基于诉讼效率等合理考量，也可能被视为合法。以下为详细分析：
法定合并审理的情形：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院合并审理案件通常需满足一定条件，如案件之间存在法律上的牵连关系（如本诉与反诉、共同诉讼等），或者为了诉讼效率、避免裁判冲突等考虑，法院认为可以合并审理的。若两案既无法律关系，也无共同事实，原则上不符合法定合并审理的条件。
合并调解的合法性分析：
- 程序瑕疵角度：在两案无法律关系且无共同事实的情况下，若法官未经当事人同意或未基于充分理由（如诉讼效率、避免裁判冲突等）而合并调解，可能构成程序瑕疵。程序瑕疵可能影响调解协议的效力，尤其是在当事人提出异议并主张程序违法的情况下。
- 当事人同意角度：如果当事人双方均同意合并调解，并且这种合并调解不违反法律的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么法官的合并调解行为可以被视为合法。当事人的同意是民事诉讼中重要的程序保障，体现了意思自治原则。
- 诉讼效率与裁判统一角度：在某些特殊情况下，即使两案无法律关系且无共同事实，但为了诉讼效率或避免裁判冲突（如涉及类似法律问题的多个案件），法院也可能在当事人同意的基础上进行合并调解。这种做法虽然不常见，但在特定情境下可能被视为合理且合法的。
可能的法律后果：
- 如果法官的合并调解行为被认定为程序违法，且当事人提出异议，那么调解协议可能被撤销或确认无效。当事人可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向法院申请再审或提起上诉，要求撤销或变更调解协议。
- 如果合并调解行为被认定为合法，且调解协议内容合法有效，那么该协议将对当事人产生法律约束力。当事人应当履行调解协议约定的义务，否则将承担相应的法律责任。
建议与提醒：
- 如果您认为法官的合并调解行为存在程序违法或损害了您的合法权益，您可以及时向法院提出异议，并要求法院对调解协议进行审查或撤销。
- 在参与调解过程中，您应当充分了解自己的权利和义务，谨慎考虑调解协议的内容，并在必要时咨询专业律师的意见。
如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。