结论：上游虚开，下游做进项转出后是否还会被判刑，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、法律背景与规定

1. 虚开增值税专用发票罪：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条的规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，构成虚开增值税专用发票罪。这里的“虚开”包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开等行为。

2. 进项转出：进项转出通常指的是企业在购进货物或接受应税劳务时，已经支付了增值税，但由于某些原因（如货物用于非应税项目、免税项目、集体福利或个人消费，或者发生非正常损失等），这部分增值税不能作为进项税额抵扣，而需要从进项税额中转出。然而，在上游虚开的情况下，下游企业如果明知或应知上游企业虚开而接受发票，并进行进项转出，这并不改变其接受虚开发票的违法性。

二、不同情况下的法律后果

1. 下游企业不知情：

   • 如果下游企业在接受发票时并不知道上游企业存在虚开行为，且没有其他证据表明下游企业存在过错或故意，那么下游企业可能不会因上游的虚开行为而被判刑。但这种情况下，下游企业可能需要配合税务机关的调查，并提供相关证据证明自己的清白。

2. 下游企业知情或应知：

   • 如果下游企业在接受发票时明知或应知上游企业存在虚开行为，即使进行了进项转出，也可能构成虚开增值税专用发票罪的共犯或相关犯罪。因为下游企业的行为在客观上为上游企业的虚开行为提供了帮助或便利，且主观上存在过错或故意。
   • 在这种情况下，下游企业不仅可能面临刑事处罚，还可能面临税务机关的行政处罚，如罚款、滞纳金等。

三、法律建议

1. 加强内部管理：企业应建立健全的财务管理制度，加强对发票的审核和管理，确保所接受的发票真实、合法、有效。

2. 谨慎选择合作伙伴：企业在选择上游供应商时，应谨慎审查其资质和信誉，避免与存在虚开等违法行为的供应商合作。

3. 及时咨询专业律师：如果企业发现自身可能涉及虚开增值税专用发票等违法行为，应及时咨询专业律师，了解相关法律风险和应对措施。

4. 配合税务机关调查：如果企业被税务机关调查涉及虚开等违法行为，应积极配合调查，提供相关证据和资料，以证明自己的清白或减轻法律责任。

进一步思考：在实际操作中，下游企业是否知情或应知上游企业虚开行为往往是一个复杂而关键的问题。这需要根据具体案情、证据情况以及相关法律法规进行综合判断。因此，如果企业面临此类问题，建议及时向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。