针对零星修缮工程超过20万元的情况，以下是具体分析和建议：

1. 合同审查与合规性
   首先需确认原合同是否对工程范围、金额上限及变更程序有明确约定。若合同约定“单项工程超20万元需重新招标”或“累计变更不得超过合同价10%”，则超支可能涉及违约风险。此时应立即暂停施工，与发包方协商补充协议，明确超支部分的计价方式、工期调整及责任划分，避免因程序瑕疵导致款项无法结算。

2. 工程变更的合法性
   根据《民法典》第787条及《建设工程质量管理条例》第28条，零星修缮工程虽规模较小，但若实际内容与合同约定发生实质性变更（如增加隐蔽工程、改变结构等），仍需履行书面变更手续。建议整理施工日志、现场签证单、设计变更通知等证据，证明超支部分系因不可预见的地质条件、设计缺陷或发包方新增需求导致，以降低被认定为“擅自变更”的风险。

3. 结算与审计应对
   若工程已完工，需重点关注结算环节：

   • 计价依据：核对合同是否约定固定单价或总价包干。若为固定单价，超支部分应按实际完成量结算；若为总价包干，则需证明超支系因发包方原因导致（如设计变更、材料调差），否则可能被核减。
     
   • 审计风险：政府投资或国企项目可能需接受审计。建议提前准备完整的变更审批文件、会议纪要及双方确认的工程量清单，避免审计时因程序瑕疵被扣减款项。

4. 争议解决路径
   若与发包方协商无果，可考虑以下方式：

   • 协商调解：通过行业协会或第三方机构介入，快速达成和解。
     
   • 仲裁/诉讼：若合同约定仲裁条款，可向约定仲裁委申请仲裁；未约定的，可向工程所在地法院起诉。需注意诉讼时效为3年，自应付款之日起算。

行动建议：立即整理合同、变更文件及施工记录，评估超支原因及责任归属。若需进一步分析证据效力或制定谈判策略，可随时向我提供具体材料，我将结合《建设工程司法解释（一）》及地方性法规，为您制定详细应对方案。