在违法分包的情况下，工伤案件的管辖权确定以及后续处理流程，确实是一个相对复杂但又有明确法律依据的问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、法律依据与工伤认定原则
首先，我们要明确的是，根据《工伤保险条例》及相关法律法规，无论分包行为是否合法，只要职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，就应当被认定为工伤。这是工伤认定的基本原则，也是后续处理流程的基础。
二、工伤认定流程与管辖权
申请阶段：
- 职工或其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日起一年内，向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。这里的“用人单位所在地统筹地区”通常指的是用人单位注册地或主要经营地所在的社会保险行政部门。
- 在违法分包的情况下，如果直接用工单位不具备合法资质或逃避责任，职工可以向实际承担工伤保险责任的单位（如具备用工主体资格的承包单位）提出申请。这一规定确保了职工在违法分包情况下也能找到责任主体进行工伤认定。
提交材料：
- 申请人需要提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或职业病诊断证明书等相关材料。这些材料是工伤认定的重要依据，必须真实、完整。
调查核实：
- 社会保险行政部门受理申请后，会根据需要对事故伤害进行调查核实。这包括事故发生的时间、地点、原因、经过等，以及职工与用人单位之间的劳动关系情况。调查核实是确保工伤认定准确性的重要环节。
作出决定：
- 社会保险行政部门在调查核实的基础上，会作出是否认定为工伤的决定。如果认定为工伤，职工将享受相应的工伤保险待遇。这一决定具有法律效力，是后续处理流程的依据。
三、特殊情况处理与管辖权延伸
劳动关系不明确：
- 在违法分包的情况下，职工与用人单位之间的劳动关系可能不明确。此时，职工可以通过劳动仲裁或诉讼等方式确认劳动关系，再申请工伤认定。这一过程中，劳动仲裁机构或法院将根据实际情况判断劳动关系的存在与否，并确定相应的管辖权。
多重分包或转包：
- 如果工程经过多重分包或转包，导致责任主体难以确定，职工可以向最近一层具备用工主体资格的承包单位提出申请。同时，相关部门也会根据实际情况追查真正的责任主体。在这一过程中，社会保险行政部门将根据实际情况和法律法规确定管辖权，确保职工的权益得到保障。
未参加工伤保险：
- 如果用人单位未依法为职工缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由用人单位支付工伤保险待遇。在违法分包的情况下，如果直接用工单位未缴纳工伤保险费，职工可以向其主张工伤保险待遇；如果直接用工单位也不具备支付能力，职工还可以向其他相关责任主体（如发包方、总承包方等）追偿。这一过程中，职工可以根据实际情况选择向有管辖权的法院提起诉讼或向相关部门申请仲裁。
四、总结与建议
综上所述，违法分包工伤案件的管辖权确定主要依据用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门，但在特殊情况下（如劳动关系不明确、多重分包或转包、未参加工伤保险等），管辖权可能会根据实际情况和法律法规进行延伸。因此，我建议您在遇到此类问题时：
- 及时收集并保存相关证据材料，如工伤认定申请表、劳动关系证明材料、医疗诊断证明等；
- 根据实际情况选择合适的申请对象（如实际承担工伤保险责任的单位、最近一层具备用工主体资格的承包单位等）；
- 如果遇到复杂情况或争议，及时咨询专业律师或相关部门的意见，以确保您的权益得到充分保障。