医院自制药丸的合法性需分情况讨论，具体如下：
合法情形：
- 取得制剂批准文号：根据《药品管理法》及相关规定，医院若要自制药品，必须向省级药品监督管理部门申请并取得医疗机构制剂批准文号。取得批准文号后，医院方可按照批准的配方、工艺等要求自制药品，且该药品仅限于本医疗机构内使用，不得对外销售。
- 符合特定条件：在紧急情况下，如突发公共卫生事件或特殊疾病治疗需要，且市场上无相应药品供应时，医院可在符合一定条件下临时自制药品，但需及时向药品监督管理部门报告并接受监管。
非法情形：
- 未取得批准文号：若医院未取得医疗机构制剂批准文号而擅自自制药品，则构成违法行为。根据《药品管理法》的相关规定，未取得药品批准证明文件生产、进口药品的，将面临没收违法所得、违法生产的药品和用于违法生产的工具、设备、原材料等物品，并处违法生产的药品货值金额十五倍以上三十倍以下的罚款；货值金额不足十万元的，按十万元计算。情节严重的，还可能面临吊销药品生产许可证、药品经营许可证或者医疗机构制剂许可证，以及十年内禁止从事药品生产经营活动的处罚。
- 对外销售：即使医院取得了制剂批准文号，若将自制的药品对外销售，也构成违法行为。因为医疗机构制剂仅限于本医疗机构内使用，不得在市场上销售。
法律建议：
- 对于患者而言，若因使用医院自制的药品而遭受损害，可依法向医院主张赔偿。在主张赔偿时，需证明医院存在过错（如未取得批准文号、药品存在质量问题等）以及该过错与损害结果之间存在因果关系。
- 对于医院而言，应严格遵守相关法律法规，确保自制的药品合法合规。在自制药品前，应向省级药品监督管理部门申请并取得医疗机构制剂批准文号；在自制过程中，应严格按照批准的配方、工艺等要求进行生产；在自制完成后，应确保药品仅限于本医疗机构内使用，不得对外销售。
可能后果：
- 若医院非法自制药品，将面临严厉的行政处罚，包括罚款、没收违法所得和物品、吊销许可证等。
- 若因非法自制药品导致患者损害，医院还将承担民事赔偿责任，甚至可能面临刑事责任（如生产、销售假药罪等）。
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