可以起诉对方，走农村合作医疗与起诉对方是两个独立的法律程序，互不影响。以下从不同角度进行详细分析：

1. 农村合作医疗的性质与目的
   农村合作医疗（现多称为城乡居民基本医疗保险）是一种社会保险制度，旨在为参保人提供基本医疗保障，减轻因疾病产生的经济负担。其本质是风险分担机制，与侵权责任纠纷（如人身损害赔偿）属于不同法律关系。参保人享受医保报销后，仍可依法向侵权方主张权利。

2. 法律层面的依据
   根据《社会保险法》第三十条第二款规定：“医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。”
   解读：

• 若伤害由第三方造成（如交通事故、故意伤害等），医保报销后，医保部门可向侵权方追偿，但不影响受害者直接起诉侵权方；
  
• 受害者起诉侵权方时，需返还医保已报销部分（或由医保部门直接参与追偿），但剩余损失（如自费部分、误工费、护理费等）仍可主张。

1. 实务操作中的注意事项
   

• 证据保留：起诉前需保留医疗费发票、诊断证明、事故责任认定书等证据，以证明侵权事实与损失金额；
  
• 诉讼时效：人身损害赔偿诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算；
  
• 赔偿范围：可主张医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金（如构成伤残）、精神损害抚慰金等，具体需结合案情；
  
• 医保报销与赔偿的衔接：若法院判决侵权方赔偿全部医疗费，受害者需将医保报销部分返还医保基金（可通过法院直接扣划或自行退还）。

1. 典型案例参考
   例如，甲因交通事故受伤，医保报销了部分医疗费。甲仍可起诉肇事司机乙，要求赔偿全部医疗费、误工费等。法院判决后，甲需将医保报销部分返还医保部门，剩余赔偿由乙承担。

总结建议：
走农村合作医疗不影响起诉对方，但需注意证据保留、诉讼时效及赔偿范围的界定。如有具体案情（如事故类型、损失金额等），可进一步向我咨询，我将结合细节提供针对性方案。