结论前置：走合作医疗并不影响您通过法律途径起诉相关责任方以维护自身权益。
详细解释与法律分析：
合作医疗的性质与目的：
- 合作医疗，通常指的是新型农村合作医疗制度（新农合），是我国农村地区的一项基本医疗保障制度，旨在减轻农民因疾病带来的经济负担。它并不涉及医疗事故的责任认定与赔偿问题，而是提供了一种医疗费用的报销机制。
起诉的法律依据：
- 当您在医疗过程中遭受损害，认为医疗机构或医务人员存在过错时，您有权依据《中华人民共和国民法典》中关于医疗损害责任的相关规定，向人民法院提起诉讼，要求赔偿。
- 起诉的目的是为了通过法律手段确认医疗事故的责任方，并获得相应的经济赔偿，这与您是否参加了合作医疗是两个独立的问题。
合作医疗与起诉的关系：
- 参加合作医疗并不意味着您放弃了通过法律途径维护自身权益的权利。合作医疗的报销与医疗事故的赔偿是两个不同的法律关系，前者是基于保险合同关系，后者是基于侵权责任关系。
- 在实际操作中，即使您已经通过合作医疗获得了一定的医疗费用报销，这并不影响您就医疗事故造成的其他损失（如误工费、护理费、残疾赔偿金等）向责任方提起诉讼。
起诉的流程与注意事项：
- 在起诉前，建议您先收集相关证据，如医疗记录、诊断证明、费用清单等，以证明医疗事故的存在以及您因此遭受的损失。
- 您可以咨询专业律师，了解具体的起诉流程、所需材料以及可能面临的法律风险。律师将根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。
- 在起诉过程中，您需要遵循法律程序，按时提交相关材料，参加庭审等。律师将协助您完成这些工作，确保您的权益得到充分保障。
法律建议：
- 如果您认为自己在医疗过程中遭受了损害，且医疗机构或医务人员存在过错，不要因为参加了合作医疗而放弃起诉的权利。
- 及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和所需材料，以便更好地维护自己的权益。
- 在起诉过程中，保持与律师的密切沟通，及时提供所需信息，确保案件的顺利进行。
可能面临的法律后果：
- 如果法院认定医疗机构或医务人员存在过错，并造成了您的损害，您将有权获得相应的经济赔偿。
- 如果法院认定医疗机构或医务人员无过错，或者您的损害与医疗行为无直接因果关系，您可能无法获得赔偿。但无论如何，这都不影响您通过法律途径寻求公正和真相的权利。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。