结论：乡村规划许可证上没明确标注二层但建了二层，是否属于违建，并非一概而论，而是取决于多个因素，包括是否符合村庄规划、是否办理了相关审批手续以及是否影响他人和公共利益等。
是否符合村庄规划：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》，农村建房必须遵循当地的土地利用总体规划和乡村建设规划。这意味着，即使乡村规划许可证上没有明确标注二层，但如果建造二层房屋符合村庄的整体规划要求，如房屋的位置、高度、层数、面积等都符合规划，那么该行为可能不被视为违建。
- 反之，如果建造二层房屋违反了村庄规划，如导致房屋间距不足、影响邻居采光通风或破坏了村庄整体风貌等，那么该行为很可能被认定为违建。
是否办理了相关审批手续：
- 依据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，建房前需向当地乡镇政府或相关部门申请宅基地，并获得批准。同时，还需办理建设工程规划许可证等必要证件，以确保建房的合法性。
- 如果建造二层房屋时未办理相关审批手续，如未获得建设工程规划许可证等，那么即使乡村规划许可证上没有明确禁止建造二层，该行为也可能因缺乏合法手续而被认定为违建。
是否影响他人和公共利益：
- 建房过程中应尊重相邻关系，不得妨碍他人的正常生活和通行，也不得对公共设施和公共安全造成不良影响。
- 如果建造二层房屋影响了他人或公共利益，如导致邻居房屋受损、影响公共设施使用或存在安全隐患等，那么该行为很可能被认定为违建，并可能面临相应的法律责任。
特殊情况处理：
- 对于某些长期存在但未办理齐全相关手续的自建房，可能会根据具体情况进行区别对待。如果能够通过补办手续等方式使其合法化，则不属于违建；如果无法补办或不符合合法化条件，则可能被认定为违建。
- 一些地区可能针对农村自建房加盖二层制定了特定的政策或规定。例如，对建筑面积、层数等有严格限制。在这种情况下，超出限制范围加盖二层即属违建。
建议：
- 在进行宅基地建设前，务必咨询当地相关部门，了解并遵循相关的审批流程和规定，以确保建房的合法性。
- 如果已经建造了二层房屋但未办理相关审批手续或存在其他违建情况，建议尽快与当地相关部门沟通并补办手续或进行整改，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。
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