结论：政府采购合同中以政府决算结果为由进行“多退少补”的合法性，需结合具体合同条款、相关法律法规及实际履行情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的合法性
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上可以约定合同内容，包括价格调整机制。因此，如果政府采购合同中明确约定了以政府决算结果作为价格调整的依据，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定是合法的。
显失公平原则：然而，如果合同中的“多退少补”条款导致双方权利义务严重失衡，例如，供应商在合同履行过程中承担了过大的风险，而政府方则几乎无需承担任何风险，那么该条款可能因显失公平而被认定为无效或可撤销。
二、相关法律法规的适用
政府采购法：根据《中华人民共和国政府采购法》的规定，政府采购合同应当遵循公平、公正、公开的原则，保护供应商的合法权益。如果“多退少补”的条款违反了这些原则，或者损害了供应商的合法权益，那么该条款可能因违法而无效。
价格法：此外，根据《中华人民共和国价格法》的规定，经营者不得利用虚假的或者使人误解的价格手段，诱骗消费者或者其他经营者与其进行交易。虽然政府采购合同不直接涉及消费者保护，但如果“多退少补”的条款被认定为一种不公平的价格手段，也可能受到相关法律的规制。
三、实际履行情况的考量
决算结果的合理性：政府决算结果应当基于合理的预算和实际的支出情况。如果决算结果存在明显的不合理或错误，导致供应商需要承担不合理的退款责任，那么供应商有权提出异议，并可能通过法律途径维护自己的权益。
合同履行的公平性：在合同履行过程中，双方应当遵循公平原则，合理分担风险和收益。如果“多退少补”的条款导致供应商在合同履行过程中处于不利地位，那么供应商可以要求政府方进行协商调整，或者通过法律途径寻求救济。
四、建议与风险提示
审查合同条款：对于供应商而言，在签订政府采购合同时，应当仔细审查合同条款，特别是关于价格调整的条款，确保自己的权益得到充分保障。
保留相关证据：在合同履行过程中，供应商应当保留好与合同履行相关的所有证据，包括决算结果、支付凭证等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
寻求法律帮助：如果供应商对“多退少补”的条款存在疑问或争议，应当及时寻求专业律师的法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。
总结：政府采购合同中以政府决算结果为由进行“多退少补”的合法性并非绝对，而是需要结合具体合同条款、相关法律法规及实际履行情况综合判断。如果您对此有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。